2 августа 1918 года, в день памяти пророка Илии, когда верующие шли в церковь, из местного Совета прибыли вооружённые люди и с ними уполномоченный Борис Паршин с ордером на изъятие всех монастырских лошадей. Сначала они подошли к архимандриту Макарию, который собирался идти в церковь на литургию, и потребовали отдать лошадей. Настоятель усомнился в их полномочиях и послал казначея, иеромонаха Авеля, в местный Совет выяснить, действительно ли эти люди имеют право изъять монастырскую собственность. Паршина он послал к владыке Макарию, сказав при этом: «…Владыка отпустит вам лошадей, но я вашей власти не подчиняюсь, и если хотите, то грабьте и берите с меня последний крест, потому что я сам был офицером…»61 В это время народ, пришедший на праздник, возмутился насилием над о. Макарием и стал заступаться за него, нападая на представителей советской власти. Паршин и его сотрудник Гусев испугались и поспешили удалиться, но крестьяне заперли их в пожарный сарай, где те пробыли два часа. Власти обвинили архимандрита в том, что именно он вёл агитацию среди крестьян против советской власти и послал по окрестным деревням посыльных, чтобы народ пришёл и заступился. Случай этот попал в газеты. В «Известиях» от 8 августа 1918 года была напечатана статья под названием «Святейшая контрреволюция», где описан обыск и арест настоятеля в Угрешском монастыре: «Обыск начался с покоев митрополита Макария, во время которого обнаружено много документов, свидетельствующих о его контрреволюционной деятельности». Автор сообщает, что на письменном столе найдено только что составленное «Воззвание к православному русскому народу по поводу гибели Николая II». Также в статье говорится, что «игумен монастыря арестован и препровождён в распоряжение ВЧК по борьбе с контрреволюцией»62.
Действительно, 4 августа 1918 года по указанию московской уездной чрезвычайной комиссии архимандрит Макарий был арестован. При аресте произведён обыск в его покоях и в покоях митрополита Макария, изъяты ценные вещи и документы. Владыка по этому поводу писал: «Жалею, что увезли папки с деловыми бумагами, для них ненужными, а для меня очень дорогими, в том числе и дневники»63. Были изъяты также церковная кружка с серебряными и медными деньгами на сумму 34 руб. 35 коп. и кредитные билеты на сумму 600 рублей64. На допросе о. Макарий показал по поводу состряпанных против него обвинений: «Он <Паршин> не предъявил никаких документов. У нас уже был случай, когда один состоятельный человек взял в своё пользование лошадь. И это раньше уже вызвало нарекание со стороны крестьян. По этому поводу с нашей стороны – со стороны монастырских служащих – ничего не было предпринято, никуда никаких людей мы не посылали. И тут, почему получился шум в ограде, не знаю, я вёл службу. Между прочим, я послал своего казначея и отца Сергия в Совет просить для надобностей монастыря хотя бы временно оставить часть лошадей. Против Советской власти я не высказывался и против Совета не призывал. С митрополитом Макарием у меня были лишь отношения чисто служебного характера – ни по каким политическим вопросам не объяснялся. Митрополит Макарий живёт обособлено и, как он ведёт жизнь, не знаю… Больше добавить ничего не могу. Сим обязуюсь явиться по первому требованию, в чём подписуюсь»65.
Крестьяне, казначей иеромонах Авель, иеродиакон Сергий показали, что никакой агитации настоятелем среди крестьян не велось. К сожалению, многие документы в деле пропали. Нет, к примеру, списка вещей, изъятых при обыске у митрополита и архимандрита. 13 августа 1918 года «за недоказанностью преступления» настоятеля архимандрита Макария освободили из – под ареста и отпустили под подписку о невыезде66.
Через несколько месяцев после дела с лошадьми монастырь снова подвергся насилию со стороны властей. 22 октября 1918 года митрополит Макарий и вместе с ним архимандрит Макарий подверглись ограблению и страшному унижению. Были снова изъяты различные ценные вещи, а сам владыка избит67.