Вскоре после Октябрьской революции было закрыто и разорено народное училище при монастыре, где много лет преподавал архимандрит Макарий. Это сделано на основании декрета об отделении церкви от государства, в котором говорилось: «Школа отделяется от церкви. Преподавание религиозных вероучений во всех государственных и общественных, а также частных учебных заведениях, где преподаются общеобразовательные предметы, не допускается. Граждане могут обучать и обучаться религии частным образом»68, а также декрета от 16 января 1918 года о передаче всех церковных школ в Комиссариат просвещения. Этим декретом Церковь лишалась всех семинарий, училищ, академий и всего связанного с ними имущества. 3 марта 1919 года Наркомпрос постановил: «Воспретить лицам, принадлежащим к духовенству всех родов, всех вероисповеданий, занимать какие – либо должности во всех школах. Виновные в нарушении сего воспрещения подлежат суду Ревтрибунала»69. Всё это привело к тому, что в 1919 году здания Николо – Угрешского училища пришли в полное запустение.
Кроме гонений со стороны властей монастырь испытывал и другие трудности. Начался голод. Святитель Макарий (Невский) писал: «Голод здесь весьма чувствуется. В Москву мне не придётся уехать, там тяжкое утеснение. Да и в Угреше не лучше. Братия разъезжается по домам от голода»70.
Тем не менее, архимандрит Макарий сумел сохранить братию обители. Начиная с 1919 года, детская трудовая колония Наркомфина существовала на территории монастыря совместно с Николо – Угрешской трудовой артелью (общиной монахов). Религиозные общества были лишены прав собственности и прав юридического лица71. Поэтому архимандрит Макарий с разрешения земельного комитета преобразовал монастырь в трудовую артель монахов с названием «Труд»72 и стал её председателем. Артель с 1 июля 1919 года имела свой устав, была официально признана местными властями и в документах фигурировала как хозяйственная организация73.
Сохранился «Список братии и живущих при Николо – Угрешском монастыре от 20 марта 1920 года»74, в котором значатся 57 человек: митрополит Макарий, архимандрит Макарий, игумен Герман75, игумен Филофей, иеромонахи Иосиф76, Гурий77, Антоний, Авель, Акакий, Софроний, Мефодий, Макарий, Вонифатий, Паисий78, Нафанаил, Никифор, Геронтий, Пафнутий; иеродиаконы Иоанникий, Геннадий, Иосаф, Арсений, Иустин, Даниил79, Нектарий, Сергий, Игнатий; монахи Сафоний, Андроник, Ипатий, Мелетий, Вадим, Амоний, Филипп, а также послушники Архип80, Димитрий81 и другие. В сравнении с 1914 годом, когда в монастыре проживало 64 человека братии, в 1920–м году насельников было немногим меньше, если учесть, что некоторые престарелые монахи к этому времени уже скончались82.
Более того, 1920 году в списке появились новые имена за счёт вновь принятых в общину монахов и за счёт повышения сана ранее проживавших. Монашеская жизнь в обители была полнокровной, несмотря на притеснения братии83. Таким образом, после 1917 года лишь некоторые монахи покинули Угрешу, большая их часть оставалась жить в монастыре под руководством настоятеля о. Макария.
В декабре 1920 года архимандрит Макарий отчитывался в земельный отдел Ухтомского совета о деятельности трудовой общины: «В прошлое лето артель пользовалась 11/2 десятинами покоса и 3 десятинами огородной земли; на семена картофеля не брали, своего оставили на 1921 год на семена 35 мешков. Земля для артели была назначена от Ухтомского Совета; на огородной земле был посеян картофель, капуста и некоторые овощи. Лошадей 2, коровы 3»84.
Работоспособных в артели было всего 20 человек, однако монастырская община не только обеспечивала себя мёдом, яблоками и овощами, но ещё и помогала детской колонии Наркомфина, отдавая воспитанникам часть урожая. Это следует из акта обследования Николо – Угрешской артели «Труд», составленного представителями власти 13 марта 1921 года.
Притеснения церквей и монастырей со стороны богоборческих властей усилились в 1922 году, когда было объявлено изъятие церковных ценностей в пользу голодающих Поволжья. Тяжёлое время пришлось пережить архимандриту Макарию, но он встречал трудности с твёрдостью и всячески старался сохранить вверенную ему обитель.