Еще более яркий признак упадка активных сил и жизнедеятельности папства обнаружился в новом конфликте пап с растущим влиянием французского короля. Еще при жизни императора Фридриха II в Германии началась смута, и французский король выступил в роли опекуна и покровителя страны и соперника пап, придерживаясь линии поведения императоров Гогенштауфенов. Целый ряд пап в политических видах поддерживали французских монархов. С помощью Рима и с его одобрения французские князья утвердились на престолах Сицилии и Неаполя, и французским королям раньше, чем папам, пришла мысль о возможности восстановить империю Карла Великого и управлять ею. Однако, когда прекратилось в Германии междуцарствие, наступившее после смерти Фридриха II, последнего из Гогенштауфенов, и когда на престол избран был Рудольф Габсбургский, первый император из рода Габсбургов (1273 г.), политика Рима стала колебаться между Францией и Германией, в зависимости от симпатий отдельных пап. На востоке греки в 1261 году вновь отобрали Константинополь у латинских императоров, а основатель новой греческой династии Палеологов, Михаил VIII Палеолог, после нескольких незначительных попыток примирения с папой, окончательно откололся от Рима. Это обстоятельство, наряду с крушением латинских королевств в Азии, положило конец владычеству пап на востоке.
В 1294 году Бонифаций VIII стал папой. Это был итальянец, враждебно относившийся к французам и преисполненный сознания великих традиций и миссии Рима. Некоторое время он держал свое знамя высоко. В 1300 году было празднование юбилейного римского года, и в Рим стеклось огромное количество пилигримов. «Прилив денег в папскую казну был так велик, что два прислужника были заняты тем, что непрестанно сгребали лопатками приношения, возлагаемые на гробницу святого Петра» (Дж. Г. Робинсон). Однако празднество это оказалось лишь призрачным торжеством. Бонифаций в 1302 году очутился в конфликте с французским королем, а в 1303 году, когда он собирался произнести отлучение от церкви этого монарха, он был захвачен в плен в своем родовом дворце в Ананьи: посланный французским королем, Гийом де-Ногарэ ворвался в замок и вбежал в спальню перепуганного папы, лежавшего в постели с распятием в руках, и стал осыпать его угрозами и оскорблениями. День или два спустя папа был освобожден горожанами и возвратился в Рим; но здесь он был вновь схвачен и посажен в тюрьму семейством Орсини. Через несколько недель, потрясенный, жестоко разочарованный, старик умер у Орсини в плену.
Граждане Ананьи приняли к сердцу оскорбление папы и поднялись на Ногарэ, чтобы освободить Бонифация, но не следует забывать, что город Ананьи был родиной этого папы. Необходимо отметить то важное обстоятельство, что французский король, обращаясь столь бесцеремонно с главой христианского мира, действовал с полного одобрения своего народа; он созвал совещание представителей всех трех сословий Франции (дворянства, духовенства и третьего сословия) и заручился их согласием перед тем, как прибегнуть к крайним мерам. Ни в Италии, ни в Германии, ни в Англии незаметно было ни малейших признаков негодования на такое бесцеремонное обращение с первосвященником. Идея христианства постепенно ослабевала и вырождалась, пока, наконец, она не утратила своего влияния на человеческие умы.
В продолжение всего XIV столетия папство не сделало ничего для того, чтобы восстановить свой моральный престиж. После Бонифация папой был избран Климент V, француз, ставленник короля Филиппа Французского. До Рима он так и не добрался. Он обосновался со своим двором в городе Авиньоне, который принадлежал тогда не Франции, а папе, хотя и вклинивался во французскую территорию. Преемники его оставались в Авиньоне вплоть до 1377 года, когда папа Григорий XI вернулся в Ватиканский дворец в Риме. Однако, Григорий XI не встретил сочувствия всей церкви. Многие кардиналы были родом французы, их привычки и симпатии прочно связывали их с Авиньоном. Когда в 1378 году скончался Григорий XI и на его место был избран итальянец Урбан VI, находившиеся в оппозиции кардиналы объявили выборы недействительными и избрали другого папу или, вернее, антипапу, Климента VII. Раскол этот называется великой схизмой. Папы оставались в Риме, и все враждебные Франции монархи: во-первых, император, затем короли: английский, венгерский, польский и северных держав – были лояльны по отношению к Риму. С другой стороны, антипапы продолжали держаться в Авиньоне, их поддерживал король французский и его союзники, короли шотландский, испанский, португальский и различные германские князья. Каждый папа отлучал от церкви и предавал анафеме приверженцев своего соперника 1378–1417 гг.).
Неудивительно, что при таком положении дел во всей Европе люди стали самостоятельно размышлять о религиозных вопросах.