Понятно, что на этом фоне начавший в конце весны 1943 г. медленно раскручиваться маховик производства Ме163 буквально отравлял душу завистливому и желчному Мессершмитту. Что касается Ме163, то фирма «Мессершмитт AG» в рассматриваемое время отвечала пока лишь за выпуск 23 (из 70 заказанных) опытных образцов и части установочной серии «В». О том, что в кабинетах RLM в финальной стадии утверждения уже находится заказ ещё на 200 Ме163 Мессершмигг также был извещён. При этом, как не трудно заметить, самолёт нёс «родовое имя» основателя и владельца фирмы… В этих условиях «швабра Вилли» 7*, исходя из интересов своей компании, вполне обоснованно посчитал, что тратить ресурсы фирмы на реализацию проекта, в создании которого он не имеет права голоса, просто нет смысла. В результате к концу апреля взаимоотношения Мессершмитта и Липпиша достигли точки кипения, в результате чего последний 1 мая покинул компанию с небольшой группой своих преданных сторонников, работавших с ним ещё в DFS, перебрался в Институт воздухоплавания в Вене (Luftfahrforschung Wien).
Как ни странно, но подобные демарши не стали неожиданными для верхушки Министерства авиации, члены которой и сами умели плести интриги. А потому достаточно быстро было достигнуто соглашение, в рамках которого производство Ме163 переносилось в Бёблинген на фирму «Клемм техник GmbH», а общий технический надзор возлагался на так называемый Авиационный исследовательский отдел «Вена», оперативно организованный при Институте воздухоплавания. При этом первые 23 машины, часть из которых уже была построена в Аугсбурге, будут закончены при технической поддержке компании «Мессершмит AG». В середине мая 1943 г. контракт на постройку 200 серийных Ме163 был подписан, но тут его реализации воспротивился глава фирмы «Клемм техник GmbH», являвшийся ярым пацифистом. Поскольку ситуация на фронте и в небе над Рейхом, по мнению большинства аналитиков, практически не имела тенденций и шансов к улучшению, то гестапо этого борца за мир попросту вышвырнуло с завода и из совета директоров компании, посадив на его место такого вполне лояльного к нацистскому руководству и грамотного специалиста как доктора Венца.
С его приходом подготовка к серийному производству началась ударными темпами. С самого начала производство отдельных комплектующих и агрегатов было расчленено по нескольким предприятиям, что позволяло с одной стороны сделать его менее уязвимым для усиливающихся налётов, а с другой стороны при необходимости обеспечивало возможность наращивания серийного выпуска ракетных «Комет». Так, к программе были подключены предприятия «Флетнер», «Фокке-Анхеллис», «Хирт», «Шемп и Бозер». Часть производства вообще была вынесена за границу. В частности бронированную носовую часть делал один из румынских заводов, топливные баки варили в Коттбусе, шасси собирали в Зонненберге, фюзеляжи и консоли строил завод «Клемм техник GmbH» № 2, а окончательная сборка производилась на предприятии № 1 этой же фирмы. Любопытно, что основную часть рабочей силы этого самолётостроительного завода составляли девушки, вывезенные с оккупированной территории Советского Союза.
Подготовка полномасштабного производства Ме163 вновь поставила на повестку дня вопрос об увеличении численности лётчиков-испытателей, участвующих в этой программе, причём теперь в их задачу входил исключительно облёт серийных машин перед их отправкой в исследовательские центры и центр боевой подготовки. В результате на заводе № 1 вскоре появились три новых гражданских пилота: Вуа, Перваль и Ламм, прошедшие экспресс-подготовку Eprobungskommando 16 летом 1943 г.
Наконец, к середине лета 1943 г. ЖРД HWK 109-503А-1 начал сравнительно устойчиво работать, что было как нельзя вовремя, поскольку уже в июле количество построенных планеров Ме163 составило около полусотни. Правда, 31 из них числились опытными, но к этому времени уже было сформировано Eprobungskommando 16, в распоряжении которого также начала поступать новая техника. В том же месяце на самолёты начали устанавливать серийные ЖРД HWK 109- 503А-1, а на машины, направленные в состав Eprobungskommando 16, начали монтировать вооружение из двух 20-мм пушек MG151/20E.