Наиболее необычным грузом, который пришлось перевозить С-54, был уголь. Он создавал столько проблем, сколько не было ни от какого другого груза. Угольная пыль проникала во все щели, вызывая замыкания в электросети и провоцируя коррозию. Вдобавок она доставляла немало неприятностей экипажам, страдавшим от головной боли и антракоза. Поэтому было решено перевозить уголь только в упаковке. Опытным путём выяснили, что самой удобной тарой являются армейские пехотные вещмешки, и полмиллиона этих полезных предметов были доставлены со складов в США. Однако выяснилось, что пыль по-прежнему продолжает портить самолёты и здоровье экипажей. Частично удалось решить эту проблему застелив полы в грузовых отсеках брезентом и заменив вещмешки на тканевые. Для пущей надёжности их сверху смачивали или дополнительно упаковывали в бумажные пакеты. Тем не менее, полностью решить проблему угольной пыли так и не удалось. Коммандер Герман Крол вспоминал, что, когда он пригнал свой R5D в США для обслуживания, оказалось, что вес самолёта превышает паспортный на 1000 фунтов (450 кг). Выяснилось, что угольная пыль заполнила все скрытые полости в фюзеляже самолёта. Аналогичные проблемы возникали при перевозке муки. Всего в Берлин было перевезено 1,5 млн. тонн угля, что составило почти две трети от всего объёма доставленых грузов. Специально для перевозки угля 38 самолётов были облегчены, что позволило увеличить полезную нагрузку на 1135 кг. Эти машины были названы С-54М. После разгрузки уголь перегружался на баржи и по реке Гавел перевозился к пункту назначения.
Не меньше проблем доставляла перевозка жидкого топлива. Сначала его перевозили в 55-галлонных металлических ёмкостях. Быстро выяснилось, что ёмкости слишком тяжёлые и уменьшают вес полезной нагрузки. К тому же, после того, как топливо из них выливали, сосуды требовалось обработать паром, чтобы избавиться от взрывоопасных паров, а затем вывезти из Берлина. Проблему удалось решить, когда англичане привлекли к доставке топлива транспортные Lancastrian авиакомпании Flight Refueling Company.
В разгар воздушного моста к работе были привлечены 354 С-54. Они базировались в Рейн-Майне, Висбадене, Селле и Фассберге. Однако при этом в среднем 128 самолётов реально занимались перевозками, тогда как остальные простаивали на земле, ожидая ремонта двигателей. Это было обусловлено местной спецификой. Дело в том, что С-54 проводили в воздухе по восемь — десять часов ежедневно, совершая по пять рейсов в Берлин. При этом даже во время погрузки и разгрузки двигатели не прекращали работать! К тому же С-54 был пассажирским DC-4, приспособленным для работы в качестве военно-транспортного самолёта, и ему приходилось перевозить грузы большей массы, чем тс, на которые он первоначально рассчитывался — во время осуществления воздушного моста самолёты совершали многочисленные взлёты с полной нагрузкой и жёсткие посадки. Создавшаяся ситуация привела к тому, что командование ВВС отдало приказ о поведении профилактических работ каждые 50 часов. Работа на авиабазах длилась 24 часа в сутки, семь дней в неделю. После третьего профилактического осмотра, когда подходил срок четвёртого, самолёт перегоняли в Бартонвуд, Англия, где был оборудован ремонтный центр. Когда же приближался срок пятого осмотра, С-54 летел в США, на один из заводов-подрядчиков, осуществлявших обслуживание машин этого типа. При этом каждый самолёт брал с собой один-два двигателя для капитального ремонта.
Тем не менее, несмотря на столь эффективную схему поддержания самолетов в лётном состоянии, износ двигателей С-54 достиг критической степени. По расчётам, к январю 1949 г. все С-54 могли оказаться прикованными к земле из-за отсутствия двигателей. Выходом стала доставка двигателей R-2000 прямо в Европу для их замены на месте. Эту задачу возложили на С-74 Globemaster эскадрильи, базировавшейся на аэродроме Брукли в Алабаме. На тот момент этих огромных транспортников было построено всего 12. В августе 1948 г. один из них был направлен в Рейн-Майн для прохождения испытаний и к 18 сентября налетал 100 часов. В тот день он совершил восемь рейсов в Берлин, каждый раз доставляя туда по 40 тонн угля. Еще десять самолетов не принимали в снабжении непосредственного участия, но выполняли не менее важную работу, доставляя двигатели для С-54. За один рейс С-74 перевозил с авиабазы Келли в Техасе в Рейн-Майи по 14 двигателей, забирая столько же для ремонта. С-74 совершали по одному рейсу в день.