Царевна Софья Алексеевна пожаловала первому архиепископу Холмогорскому серебряные рипиды[10] и панагию[11] на золотой цепи, украшенную изумрудами, яхонтами и алмазами. Патриарх Всероссийский Иоаким (Савелов) подарил Афанасию семь ковчежцев с мощами и несколько богослужебных книг. Накануне отъезда архиепископа Афанасия принимать поморскую епархию ему был вручен пастырский жезл патриарха. Это был особый символ — жезл был прислан константинопольским патриархом Парфением в дар московскому патриарху Иосифу. Теперь эта знаменитая реликвия, перешедшая от Константинополя к Москве, отправлялась на Русский Север.
В октябре 1682 года владыка Афанасий выехал из Москвы в свою епархию. Одновременно двинской воевода Н. С. Урусов получил царскую грамоту о назначении Афанасия холмогорским архиепископом и о том. чтобы в «нужных случаях» оказывать владыке содействие против «церковных ослушников». Новому архиерею в помощь было выделено 103 священно- и церковнослужителя, среди которых были судья духовных дел, казначей, духовник, начальный иеродьякон, два крестовых иеромонаха, три иеродьякона, просфорник, чашник, конюшенный, 24 певчих, 13 человек детей боярских и др.
Вот как отображена встреча архиепископа в Холмогорах в «Двинском летописце»: «Октября 18 приехал на Двину преосвященный Афанасий архиепископ Холмогорский и Важский, в миру зовомый Алексей, приехал на Холмогоры, пристал на Глинском посаде против таможни, и вышел из судна в церковь Живоначальные Троицы, и в той церкви облекся в архиерейскую одежду, а из соборной церкви и изо всех приходских церквей священницы для его архиерейской встречи пришли к той церкви со святыми иконами. И преосвященный архиепископ, вышед из церкви на уготованное место, и всему народу подал благословение, пошол в соборную церковь за святыми иконами, и в соборной церкви служил божественную литургию. И, отслужа, ездил около Холмогорского города по их архиерейскому обычаю. И с ним был боярин и воевода князь Никита Семенович Урусов, и дьяк Федор Микулин, и головы стрелецкие, и приказные и служилые люди, и всяких чинов люди».
Холмогорская епархия была чрезвычайно обширна. Она простиралась с запада на восток от границ шведской Лапландии и Финляндии до Сибири, а с севера на юг — от Ледовитого океана до Вологодской губернии. Епархия включала в себя всю огромную Архангелогородскую губернию, значительную часть Вологодской и Олонецкой губерний. Эта огромная страна была населена не только православными, но и потомками чудского племени, склонными к суеверию, а теперь еще и скрывавшимися здесь старообрядцами.
Прежде всего владыка создал в Холмогорах Архиерейский дом и Казенный приказ — учреждения, олицетворяющие распорядительно-исполнительную и контрольно-судебную власть архиепископа. Его уполномоченные — казначей, иеромонах, дьяк и целовальники — собирали с духовенства средства в государственную и архиерейскую казну, проверяли состояние церквей и приходов, деятельность священнослужителей. Основной его заботой стала первая северная столица — Холмогоры, которую называли «град многочеловечен». В 1685 году он лично заложил первый камень в основание кафедрального Спасо-Преображенского собора, строительство которого было закончено в 1691 году. При активном содействии холмогорского владыки строились каменные церкви в Архангельске и других поморских городах и волостях.
Афанасий был одним из немногих русских архиереев, которые поддерживали преобразования, проводимые в России Петром I. Можно даже сказать, что царь Петр и поморский владыка были в близких, дружеских отношениях. Этому способствовало трехкратное посещение царем-преобразователем Русского Севера, а также неоднократные поездки архиепископа Афанасия в столицу.
Во время своих приездов на Русский Север царь Петр неизменно выказывал симпатию и оказывал знаки внимания холмогорскому владыке. Среди его подарков — царский струг, карета на рессорах, церковная утварь, одеяния и книги. Во время войны со Швецией архиепископ Афанасий делал многое для того, чтобы ускорить победу России: отправлял колокола, предметы из красной меди и застольную посуду «на пушки и мортиры»; снабжал возводимые крепости строительным материалом и людьми.
На Русском Севере архиепископ Афанасий, как последователь реформ Никона, боролся со старообрядчеством, не останавливаясь и перед жестокими преследованиями. По его приказу раскольников, «скованных и связанных», со всей обширной епархии присылали в Холмогоры. Их содержали в тюрьме при Архиерейском доме, допрашивали и пытали, избивали и замораживали живьем, заставляя отказаться от веры.