За монастырями закреплялись земли, озера, леса; они получали государственные субсидии и имели постоянные доходы от сдачи в аренду крестьянам окрестных деревень части своих земельных угодий и мест для ловли рыбы. Монастыри стали не только центрами духовно-религиозными, но и хозяйственно-экономическими.
В 1616 году в ходе административных реформ был образован Кеврольский уезд, который охватывал всю территорию бассейна реки Пинеги с притоками. Туда вошло и село Сура. Центром уезда стал город Кевроль, который находился примерно на месте нынешней деревни Немнюги, что на высоком берегу реки Пинеги. Постепенно вешние воды прокладывали новое русло для Пинеги. Кевроль оказался в стороне от основного транспортного пути. Это явилось одной из причин переноса центра Пинежского края в погост Пинежский волок (позднее — Пинега).
Формирующееся и укрепляющееся Русское государство, как и всякое иное централизованное государство, нуждалось и в местах ссылки, куда можно было определить лиц, неугодных властям. Долгое время Пинежье было ссыльным краем — безлюдным, диким, жестоким к людям, где выжить было куда как непросто. Первоначально высылки были единичные. Провел здесь последние годы жизни князь Василий Васильевич Голицын (1643–1714), дипломат и государственный деятель допетровской Руси, фаворит царицы Софьи, фактический глава русского правительства во время ее регентства в 1682–1689 годах. Обвиненный в самоуправстве и в нерадении во время Крымского похода, он был лишен чести, боярства и имущества и сослан с семьей в Каргополь. Позже его ложно обвинили в измене и вследствие этого извета сослали в Пустозерск, а затем в село Кологоры Пинежского уезда. Здесь он и завершил свой земной путь и похоронен в Красногорском Богородицком мужском монастыре.
Традиция рассматривать Пинежье как «ссыльный край» сохранялась в XIX–XX веках. Но ссылали теперь сюда партиями — первыми из них стали народовольцы, затем социал-демократы, а потом пленные поляки, немцы… В числе известных ссыльных были разные люди. Один из них — писатель Александр Серафимбвич (Попов). Он был арестован в связи с делом о покушении на Александра III (одним из организаторов теракта был Александр Ульянов, брат В. И. Ленина) и жил здесь в 1887–1901 годах. В ссылке он написал свой первый рассказ «На льдине», опубликованный в «Русских ведомостях» (1889) под псевдонимом — Серафимович.
Побывал в ссылке (два года) в Пинеге и другой известный писатель — Александр Грин. Он был арестован (в третий раз) в 1911 году за свою революционную деятельность и побег из мест заключения. Здесь он написал «Жизнь Гнора» и «Синий каскад Теллури» и здесь же венчался с Верой Абрамовой, ставшей его первой женой. Путь из Пинеги в Архангельск писатель описал в рассказе «Сто верст по реке».
Из числа социал-демократов можно упомянуть П. А. Моисеенко, В. В. Володарского, С. Я. Аллилуева, М. С. Урицкого, К. Е. Ворошилова, А. И. Рыкова…
В 1906 году на три года в Пинегу был выслан Алексей Иванович Рыков — глава советского правительства после смерти В. И. Ленина. Но весь срок он здесь не отбыл, сумев совершить побег.
Климент Ефремович Ворошилов оказался здесь в 1907 году, когда по возвращении из Лондона, где участвовал в работе V съезда РСДРП, был арестован и получил три года ссылки. Позже он написал: «Пинега Архангельской губернии, куда я был определен для отбывания ссылки, оказалась замечательным городом, красиво расположенным на небольшой возвышенности вдоль берега реки. Прибыв в Пинегу под конвоем полицейского стражника, я моментально почувствовал в местных жителях русскую широту и удаль. Все это удивляло и восхищало». Однако долго он здесь не задержался и сбежал. Правда, спустя четыре года, в 1911 году, он вновь оказался в ссылке в Архангельской губернии, на этот раз ближе к полярному кругу. Там судьба свела его с политссыльной эсеркой Е. Д. Горбман, которая стала его женой.
В 1930-х годах пинежские леса являлись местом расположения исправительно-трудовых лагерей Пинежского отделения ГУЛАГа — Кулойлага или проживания спецпоселенцев из числа раскулаченных и духовенства.
Административная история Пинежского уезда оказалась весьма запутанной. В составе Архангелогородской губернии[6] образован он был по указу Екатерины II в 1780 году из волостей Кеврольского уезда. По 8-й ревизии (1833) в Пинежском уезде числилось семь волостей, 318 сел и деревень. Уезд был одним из самых малонаселенных в губернии, здесь проживало чуть более тридцати тысяч человек, то есть менее одного человека на один квадратный километр.