Инквизиторы назначались папой римским и ему, только ему одному подчинялись. Однако руководство армией инквизиторов, рассеянных по христианским странам и уже с середины XIII в, наводнявших своими сообщениями Рим и запрашивавших его инструкций, представляло многочисленные трудности. Урбан IV (1261-1264) попытался преодолеть их, назначив генерал-инквизитором своего приближенного кардинала Каетано Орсини и поручив ему решать все текущие дела, связанные с деятельностью инквизиции в разных странах и областях. Этот пост позволил Орсини сосредоточить в своих руках столь огромную власть, что после смерти Урбана IV он довольно легко добился избрания в папы, приняв имя Николая III (1277- 1280). Орсини, став папой, в свою очередь назначил генерал-инквизитором своего племянника кардинала Латино Малебранку, которого он готовил себе в преемники. Это ожесточило кардиналов, проваливших на очередных выборах в папы Малебранку. После смерти последнего пост генерал-инквизитора оставался некоторое время вакантным. Он был занят только еще один раз при Клименте VI (1342-1352).
Под давлением соперничающих кардиналов папство было вынуждено отменить эту должность, дававшую слишком большую власть занимавшему ее церковному иерарху. После этого деятельностью инквизиторов руководили различные учреждения римской курии. С возникновением протестантской ереси папство создало в системе курии учреждение, которое возглавило борьбу с ересью, так сказать, во вселенском масштабе. Такое учреждение было создано в 1542 г. папой Павлом III под названием священной конгрегации римской и вселенской инквизиции. Она быстро превратилась в первую не только по рангу, но и по подлинному значению и влиянию конгрегацию в системе римской курии.
Кем были инквизиторы, что они собой представляли как люди и церковные деятели? Инквизиторов поставляли главным образом два монашеских ордена доминиканцы и францисканцы, но среди них имелись представители и других монашеских орденов, священники и даже попадались люди, не имевшие духовного сана. Климент V (1305-1314) установил минимальный возраст инквизитора в 40 лет, но бывали и моложе. Как правило, это были энергичные, коварные, жестокие, беспощадные, тщеславные и жадные до мирских благ фанатики и карьеристы. Происхождения они были самого разного. Роберто Ле Бург, доминиканец, раскаявшийся катар, был назначен в 1233 г. инквизитором в район Луары, где отличился кровожадностью. Два года спустя он был повышен в должности и стал инквизитором всей Франции, за исключением южных провинций. За массовые казни и грабежи его прозвали "антиеретическим молотом". Жестокости, чинимые Ле Бургом, угрожали вызвать всеобщее восстание во Франции, что вынудило папу римского сместить его. Ле Бург был арестован и осужден на пожизненное заключение.. Это был единственный случай в истории инквизиции, когда инквизитор был наказан церковными властями за свои преступления.
С другими инквизиторами расправлялось само население. В 1227 г. был назначен инквизитором в Германию рыцарь Конрад Маргбургский. Шесть лет свирепствовал этот изувер, пока не был убит родственниками одной из своих многочисленных жертв.
Такого же конца удостоился в 1252 г. и беспощадный доминиканец Петр из Вероны, выступавший с 1232 г. в роли инквизитора на Севере Италии, на совести которого были тысячи загубленных жертв. Церковь провозгласила его "императором мучеников", он был возведен в ранг святых и считался наравне со св. Домиником чудотворным покровителем инквизиционных палачей.
Бернар Ги, доминиканец, в 46-летнем возрасте стал инквизитором в Тулузе в 1306 г. Он вошел в историю как "теоретик" инквизиции, автор руководства для инквизиторов, в котором рекомендует при допросах обвиняемых пользоваться различными коварными приемами с целью вынудить их к признанию.
Николас Эймерик, также из доминиканцев, испанец по рождению, служил во второй половине XIV в. инквизитором в Тарагоне, был ревностным последователем Фомы Аквинского. Эймерик написал 37 богословских трактатов, в том числе инквизиционный вадемекум ("Directorium Inquisitorum"), состоящий из подробного описания всевозможных ересей и практических советов его коллегам по профессии, касающихся розыска, допросов, пыток и казни еретиков.
Однако всех церковных палачей перещеголял своей кровожадностью и жестокостью первый испанский инквизитор Томас де Торквемада, который за 18 лет своей "работы" (1480 -1498) свыше ста тысяч человек сжег живьем, сжег символически или подверг аутодафе, осудив на ношение позорного платья "санбенито", конфискацию имущества, пожизненное тюремное заключение и прочие кары. Льоренте X. А. Критическая история испанской инквизиции.
Инквизиторы были наделены неограниченными правами. Никто, кроме папы, не мог отлучить их от церкви за преступления по службе, и даже папский легат не смел отстранить их хотя бы временно от должности без особого на то разрешения папского престола.