В 1245 г. Иннокентий IV предоставил инквизиторам право прощать друг другу и своим подчиненным все прегрешения, связанные с их "профессиональной" деятельностью. Они освобождались от повиновения своим руководителям по монашескому ордену, им предоставлялось право по своему усмотрению являться в Рим с докладом папскому престолу.
Согласно каноническому праву, всякому, кто препятствовал деятельности инквизитора или подстрекал к этому других, грозило отлучение от церкви. "Ужасная власть, - отмечает Г. Ч. Ли - предоставленная таким образом инквизитору, становилась еще более грозной благодаря растяжимости понятия "преступление" выражавшееся в противодействии инквизиции: это преступление было плохо квалифицировано, но преследовалось оно с неослабной энергией. Если смерть освобождала обвиненных от мщения церкви, то инквизиция не забывала их, и гнев ее обрушивался на их детей и внуков". Ли Г. Ч. История инквизиции в средние века.
Все это ставило инквизиторов на голову выше епископов, хотя и среди последних имелось немало ревностных гонителей ереси. Обращаясь к епископу, папа называл его "брат мой", а к инквизитору - "сын мой". Таким образом, инквизитор приходился как бы племянником епископу. Так вот, эти "племянники" получили теперь такую власть над верующими, о которой раньше епископ и не помышлял.
Однако, как ни привлекательна была власть над людьми, которой обладали инквизиторы, сколь ни велики были материальные выгоды, связанные с их палаческой работой, все-таки пост епископа приносил больше почета и дохода, а главное, был пожизненной синекурой, в то время как должность инквизитора была временной, инквизиторы сменялись со сменой пап, которые долго не задерживались на "святом" престоле, поскольку избирались в преклонном возрасте. К тому же должность инквизитора была весьма беспокойной, а иногда и опасной, в особенности в начальный период деятельности инквизиции, когда было немало случаев покушений на инквизиторов. Как правило, инквизитор мечтал завершить свою карьеру получением епископской кафедры.
Инквизиторы действовали в самом тесном контакте с местным епископом, который освящал своим авторитетом их террористическую деятельность. С его разрешения и в его присутствии производились пытки, выносились приговоры. В тех случаях, когда у инквизиторов было много работы, соответствующий монашеский орден выделял в их распоряжение помощников, выступавших в роли их заместителей. Инквизитор также имел право назначать в другие города своего округа уполномоченных - "комиссариев", или викариев, которые вели слежку и осуществляли аресты подозреваемых в ереси лиц, допрашивали, пытали их и даже выносили им приговоры.
В XIV в. в помощь инквизиторам стали назначаться эксперты-юристы (квалификаторы), как правило тоже церковники, в задачу которых входило формулирование обвинений и приговоров таким образом, чтобы они не противоречили гражданскому законодательству.
По существу квалификаторы служили ширмой для беззаконий, чинимых инквизицией, прикрывали своим юридическим авторитетом ее преступления. Они были лишены возможности ознакомиться с делом подсудимого, им давалось только краткое резюме показаний его и свидетелей, часто без имен, якобы для того, чтобы "эксперты" могли высказать более объективно свое мнение, в действительности же для того, чтобы скрыть имена доносчиков, пытки и прочие преступления инквизиторов. Квалификаторы определяли, являются ли высказывания, приписываемые обвиняемым, еретическими, или от них "пахнет" ересью, или они могут привести к ереси. Соответственно квалификаторы устанавливали, является ли автор высказываний еретиком или его следует только подозревать в этом преступлении и в какой степени - легкой, сильной или тяжелой. От заключения квалификаторов зависела судьба подследственного.