Участие Фридриха II и Людовика IX в преследовании еретиков создало благоприятные условия для учреждения инквизиционных трибуналов, действующих под непосредственным контролем папского престола. В феврале 1231 г. Григорий IX издал очередной эдикт ("генеральную конституцию"), вновь отлучавший еретиков от церкви и призывавший церковные и светские власти преследовать и подавлять их. В том же году римский сенатор (губернатор Рима, подчиненный папе) Аннибале назначил специальных инквизиторов с полномочиями преследовать (арестовывать и судить) еретиков. Вскоре папа послал инквизиторов с такими же полномочиями в Майнц, Милан и Флоренцию.
Следующим этапом в установлении инквизиции были две буллы Григория IX от 20 апреля 1233 г., поручавшие преследование еретиков во Франции монахам доминиканского ордена. Первая из этих булл, "Ille humani generis", была обращена к епископам Франции. В ней папа не без лицемерия писал: "Видя, что вы поглощены вихрем забот и что с трудом можете дышать под гнетом тяготящих вас тревог, мы находим полезным облегчить ваше бремя, чтобы вы могли легко переносить его". "Облегчение" заключалось в посылке на подмогу епископам доминиканских монахов с неограниченными полномочиями по преследованию еретиков. Епископы, считавшиеся по церковной традиции верховными правителями своих епархий, не желали разделять власть с нищенствующими монахами, не говоря уж о том, что они сами испытывали немалый страх перед этой тайной папской полицией, которая могла при желании зачислить в еретики не только строптивых, но и не в меру ретивых в своей ненависти к ереси епископов. Папа умолял епископов "во имя уважения, которое вы питаете к св. престолу", дружески принять его посланцев и помогать им, "дабы они могли хорошо выполнить свою задачу".
Вторая булла, "Licet ad sapiendos", была обращена к "приорам и братьям ордена проповедников, инквизиторам". В ней Григорий IX уполномочивал доминиканцев:
"Во всех местах, где вы будете проповедовать,- в случае, если грешники, несмотря на предупреждения, будут продолжать защищать ересь,- навсегда лишать духовных их бенефиций и преследовать их и всех других судом, безапелляционно, призывая на помощь светскую власть, если в этом встретится надобность, и прекращая их упорство, если нужно, посредством безапелляционного наложения на них духовных наказаний". Эта булла практически поручала доминиканскому ордену вести борьбу с ересью во всем христианском мире.
Обе буллы Григория IX подтверждались последующими папами, вносившими в их тексты лишь частичные изменения и уточнения.
В современной церковной литературе утверждается, что инквизиция якобы была учреждена папством только после того, как "традиционные" для церкви методы убеждения еретиков путем увещевания и отлучения не оправдали себя. Так, например, Шэннон заявляет, что Иннокентий III, Гонорий III и Григорий IX пытались избавить церковь от ереси и восстановить единство церкви через "укрепление епископальной бдительности. Однако все традиционные методы были исчерпаны, не принеся желаемых результатов".
Приведенные нами факты опровергают подобного рода измышления. Именно упомянутые выше папы были сторонниками насильственных методов борьбы с ересью. Более того, инквизиция оформляется после разгрома катаров, когда последние уже перестали представлять какую-либо опасность для церкви.
В 1252 г. папа Иннокентий IV издал буллу "Ad extirpanda", оформившую создание инквизиционных трибуналов в разрешившую им применение пытки. Булла учреждала в епархиях специальные комиссии по борьбе с ересью из 12 правоверных католиков, двух нотариусов и двух или больше служащих, возглавляемых епископом и двумя монахами нищенствующих орденов. Комиссиям поручалось арестовывать еретиков, допрашивать их, конфисковывать их имущество. Приговор выносили епископ и два монаха, они же могли и менять состав комиссий по своему усмотрению. Светская власть и все верующие были обязаны содействовать деятельности этих по существу уже инквизиционных трибуналов. Если при задержании еретиков местное население оказывало сопротивление, то в ответе считалась вся община. По требованию инквизиторов светские власти были обязаны пытать тех, кто отказывался выдавать еретиков. Светским властям вменялось вносить эти распоряжения в сборники местных законов, изъяв из последних все то, что противоречит булле. Властям предписывалось под присягой и под угрозой отлучения давать обязательство соблюдать церковные указания по искоренению ереси. Всякая небрежность в их исполнении наказывалась как клятвопреступление вечным позором, штрафом в 200 марок и влекло подозрение в ереси, что угрожало потерей должности и лишением навсегда права занимать какую-либо в будущем.
Эта булла также подтверждалась последующими папами, причем папа Климент IV в 1265 г. уже титулует епископа и монахов - членов комиссии инквизиторами, возлагая на них всю ответственность по борьбе с ересью.