Римляне сдали город императору без сопротивления. Лишь Кресценций оказал сопротивление, но противостоять превосходящим силам Оттона III долго он не мог, а потому укрылся в Энгельсбурге, где поначалу находился в безопасности. Иоанн Филагот упустил возможность вовремя скрыться. Вероятно, он надеялся, что император примет его безоговорочную капитуляцию. Но надежды оказались тщетными. Граф Бертольд из Брейсгау арестовал несчастного в окрестностях города и передал его суду. По законам римского права Иоанна Филагота приговорили к жестокому наказанию. Его ослепили, вырвали язык, отрезали уши и нос. В таком виде Филагота возили на осле по городу, при этом в руках он держал ослиный навоз. После подобной экзекуции его перевезли в один из римских монастырей, где спустя какое-то время он и умер в полном забвении.
Христианское милосердие, проявленное Оттоном III в 996 году по отношению к Кресценцию, оказало ему плохую услугу. Императору пришлось стать жестоким. А в Энгельсбурге с нарастающим в душе страхом Кресценций наблюдал за подготовкой осадных машин, с помощью которых должна была быть взята крепость. Еще до начала атаки он выразил императору свое желание сдаться, в чем властелин ему жестко отказал. Сразу вслед за тем императорские войска начали штурмовать крепость. Руководил ими испытанный воин Экгард Мейсенский. Кресценция, тяжело раненного в ходе осады, тотчас обезглавили. Его труп и тела еще двенадцати его приверженцев, убитых в ходе осады, вывесили на крестах на площади Монт-Марио вниз головой на всеобщее обозрение.
Таким образом Оттон III продемонстрировал стремление окончательно и бесповоротно господствовать в Риме. Всех бывших приверженцев Кресценция и его семью выдворили из поместий. На посты, занимаемые прежде его соратниками, посадили тех, кто противостоял ему в борьбе за власть. Герберт фон Ауриллак, из-за пошатнувшегося здоровья появлявшийся при дворе лишь периодически, а большую часть времени проводивший в своем поместье в Эльзасе, подаренном ему Оттоном III, находился тем не менее снова при деле и получил от императора назначение на пост архиепископа Равенны. Оттон III приказал воссоздать на Палатинском холме дворец. Нет сомнений – император видел местом своего правления Рим, избрав тем самым стратегически ошибочный путь управления империей. Стало очевидно – монарх считал себя воссоздателем Великой Римской империи, поэтому решил не принимать близко к сердцу преодоленные притязания Византии. Кумиром Оттона III являлся Карл Великий.
До начала июня 998 года император со свитой оставался в Риме, где принимал самое деятельное участие в руководстве строительством дворца и нескольких храмов в городе.
Одновременно он в тесном контакте с папой трудился над созданием предпосылок для ввода разработанной им новой системы государственного правления. Отчужденные ранее церковные имения он повелел вернуть епископам и монастырям в Италии, надеясь таким способом стабилизировать свое положение. В мае Оттон III провел заседание собора совместно с Григорием V, где впервые вплотную столкнулся с ситуацией, сложившейся в испанской церкви, особенно той ее части, что проповедовала христианство. Для понимания происходящего там мог оказаться бесценным совет Герберта фон Ауриллака, ведь тот, будучи студентом, жил в Испании. Летнюю жару придворные провели в прохладе апеннинских горных высот, а осенью герцог Генрих отправился в Павию и назад, в Рим, возвратясь лишь в ноябре. К новому, 999 году возникла необходимость созыва обновленного римского собора, на котором речь должна была идти о решении так называемых французских вопросов, а также об обновлении епископства Мерзебург. Согласно канонам Средневековья, пастырь не мог покинуть свой приход, и император Оттон II смог заменить архиепископа Мерзебурга удобной ему кандидатурой епископа Гизелера в 981 году только на том основании, что Гизелер епископство распустит. Так вопреки желанию подавляющего большинства духовенства Гизелер стал архиепископом Магдебурга. Мнение герцога Генриха по данному поводу со временем только укрепилось.
В 999 году двор в подавляющем большинстве оставался в Риме, лишь на короткое время отъезжая в ближайшие окрестности. Однако год был отягощен кончинами весьма значительных особ. Сначала 4 февраля 999 года умер папа Григорий V. Император немедленно дал указание назначить его преемником Герберта фон Ауриллака, занявшего высший церковный пост под именем папа Сильвестр II. Сотрудничество, и без того очень хорошо налаженное между Оттоном III и папой Григорием V, поднялось на еще большую высоту. Выбор римской резиденции с императорским дворцом на Палатине и введение римских придворных церемоний обозначили новый статус Оттона III. Вместо существовавших отдельно итальянской и немецкой канцелярий была произведена и централизация придворной канцелярии под управлением канцлера архиепископа Герберта Кельнского.