Тем временем сестра герцога Генриха, Гизела, сочеталась в Венгрии браком с наследником венгерского трона Стефаном. Союз между ними призван был окончательно установить мир на юго-восточных границах империи и обеспечить введение христианства в Венгрии и основание там епископства Гран. 13 апреля 1001 года Стефан I вместе с женой Гизелой короновались на венгерский трон. Идея такого супружества родилась при дворе Оттона III во время первого итальянского похода.
Несомненно, герцог Генрих IV Баварский был не последним, кто приложил руку к этому решению. Епископ Адальберт для урегулирования данного вопроса отправился намного раньше из Павии в Чехию. Лишь после возвращения императора в рейх Адальберт прибыл в Майнц к императорскому двору и покинул его потом только для паломничества во Францию.
Осень 996 года император и придворные провели в долине Верхнего Рейна, задержавшись поначалу некоторое время в Майнце и в прекрасном дворце Ингельгейма, где прежде в удовольствии и радости жила мать Оттона III, императрица Феофано.
Императрица Адельгейда, бабка Оттона III, после передачи всех властных полномочий внуку поселилась в монастыре Зельц в Северном Эльзасе. В октябре 996 года ее пригласили на освящение монастырской церкви и заседание собора епископов. Двор через Брухзаль отправился в Зельц.
Император нуждался в присутствии бабки для созыва рейхстага. Состоялась блистательная встреча немецкого епископата и высшей знати, а появление императрицы на рейхстаге стало для нее последним на мероприятиях такого уровня. Одило из Клюни, составивший некролог по уходу из жизни императрицы Адельгейды, так написал об этом событии: «Примерно за двенадцать лет до своей смерти она [императрица Адельгейда] основана поселение Зельц и наделила его статусом имперской подчиненности – деяние, позже тоже ставшее обыденным. Здесь же при ее покровительстве построили великолепный монастырь во славу Господа и его апостолов, Посвященный, само собой, в присутствии ее внука, правящего императора Оттона III, 19 ноября 996 года. Тем самым сие священное место приобрело в будущем еще большее значение».
Рейхстаг почтило своим присутствием самое большое число высокопоставленных особ. Наряду с императрицей и императором среди множества других был замечен племянник императрицы Адельгейды, король Рудольф III Бургундский. После торжества в Зельце императорский двор проследовал на судах по Рейну и, минуя Кельн, достиг Нимвегена самое позднее 18 декабря 996 года, где и отметил Рождество. Там, в одном из лесов неподалеку от города, в 980 году появился на свет Оттон III – вероятно, несколько раньше срока.
Тем временем в урегулировании церковного спора в Реймсе папа Григорий V решился выступить против Герберта фон Ауриллака. В ответ король Роберт II освободил архиепископа Арнульфа из-под ареста и возвратил ему его епископскую штаб-квартиру. Тем самым Герберт мог считать себя свободным. Однако он своевременно постарался обеспечить себе местечко при императоре Оттоне III, приобретя пост советника императора. Адальберт Пражский также объявился в Нимвегене при императорском дворе. Однако очень скоро он отправился с миссионерскими целями на побережье Балтики, откуда уже не вернулся.
Весной 997 года его убили в Восточной Пруссии. Польский князь Болеслав Храбрый приказал расчленить труп епископа, перевезти в Гнезно и там закопать. Мученическая смерть Адальберта побудила императора требовать от собора причисления его к лику святых, едва известие о смерти достигло ушей Оттона III. После того как Адальберт исчез с политического небосклона, Герберту фон Ауриллаку стала доступна ниша при дворе, занимаемая прежде его предшественником. Не нужно много фантазии, чтобы представить себе, как герцог Генрих IV Баварский с его интеллигентностью и трезвостью ума наблюдал за развитием событий при дворе. Влияние Герберта фон Ауриллака на императора серьезно изменило характер его деятельности: все чаще и чаще он предавался мечтам о воссоздании Великой Римской империи.
Выводы, сделанные герцогом Генрихом из процессов, происходивших при дворе императора Оттона III, позднее серьезно помогли ему в формировании собственных принципов управления. Его позиция в церковном конфликте в Гандерсгейме, его отношение к архиепископу Виллигису и последующая деятельность как правителя показывают: едва ли Генрих был во всем согласен с молодым императором. Это касается прежде всего того периода, когда Адальберт Пражский покинул двор.