Император еще оставался в Лотарингии, а архиепископ Майнца, Арибо, 13 августа 1023 года собрал в Зелигенштадте-на-Майне местный собор, где, за исключением находившихся вместе с императором священников, присутствовали все архиепископы и аббаты рейха. Решения собора в основном касались унификации церковной службы, но удалось согласовать также и некоторые специфические вопросы. Теперь, чтобы совершить паломничество в Рим, требовалось сначала получить разрешение соответствующего епископа, а отпущение грехов, данное папой, тоже вступало в силу только после подтверждения его соответствующим пастором.
Распоряжения, принятые на соборе, относились конкретно к графу и графине Хаммерштейнским, принадлежавшим к роду Конрадинов. Граф Оттон Хаммерштейнский был женат на Ирмгард, дочери графа Готфрида, находившегося в плену в Вердене. Против брака по причине близкого родства мужа и жены в свое время очень строго высказался Генрих II, из-за чего обоих супругов уже в 1018 году отлучили от церкви, а брак официально признали расторгнутым. Оттон и Ирмгард тем не менее не хотели расходиться. Осенью 1020 года Генрих II даже осадил замок Хаммерштейн и принудил Оттона во второй раз отказаться от брака с Ирмгард.
Однако возлюбленная графа в одиночку совершила паломничество в Рим, добиваясь у папы отмены решения архиепископа Арибо о незаконности ее брака с Оттоном. Ее прошение побудило папу Бенедикта VIII вновь признать уже отмененный брак, несмотря на отправленные в Рим апелляции Арибо. Тяжба о законности брака Оттона Хаммерштейнского тянулась до тех пор, пока уже император Конрад II не повелел считать ее законченной, разрешив несчастным супругам и дальше жить в браке.
Решения собора в Зелигенштадте примечательны прежде всего тем, что впервые посягнули на права папы римского как высшей церковной юридической инстанции. Подобного император стерпеть не мог: он хотел проводить реформу церкви вместе с папой, а не против него. Ссора между императором и архиепископом Арибо казалась неизбежной. Генрих II направил архиепископа Кельна, Пилгрима, в Рим проинформировать папу.
Борьба за значимость архиепископства Майнц в империи из-за решений в Зелигенштадте и в конечном счете из-за отмены запрета на брак графа Оттона велась всерьез. Архиепископ Майнца Арибо попытался привлечь на свою сторону императрицу, прося ее ходатайствовать за него в Риме, что ему и удалось. Однако, прежде чем этот спор благополучно завершился, в Риме 9 апреля 1024 года умер папа Бенедикт VIII. То, что архиепископ Арибо обратился за помощью к императрице Кунигунде, свидетельствует о несомненно высоком ее авторитете в империи, даже в сравнении с мужем.
Еще осенью 1023 года императору пришлось задержаться в Трире, чтобы осуществить некоторые преобразования в монастыре Святого Максима. Он приказал лишить монастырь части имущества, передав ее местной мирской знати. Вскоре умер аббат этого монастыря. Император назначил на его место аббата Штабло, Поппо, преобразовавшего монастырь в строгом соответствии с требованиями реформы.
Для празднования Рождества 1023 года император и императрица перебрались в любимый Бамберг.
И вновь из-за целого ряда смертей встал вопрос о необходимости замещения освободившихся епископских мест. Император посвятил большое количество времени ряду важных консультаций, в которых принял участие архиепископ Майнца Арибо. Очевидно, Арибо удалось убедить императора в назначении нескольких отобранных им кандидатов на епископские посты, тем самым немного укрепив свое положение, – в ожидании решающего собора 13 мая 1024 года в Хехсте он ведет себя вполне сдержанно.
Во втором послании императрице Кунигунде Арибо подчеркивает то спокойствие, с которым он ожидает заседание в Хехсте. Его письмо к императрице, где он столь доверительно делится с ней своими планами и надеждами, показывает, насколько глубоко конфликт в Риме затронул императорскую семью.
Собор в Хехсте, куда вновь собрались почти все епископы страны, стал красноречивой демонстрацией могущества немецкого духовенства. Немецкие епископы в составленном ими манифесте сообща потребовали от папы изменить его решение в отношении епископа Майнца Арибо. Манифест не достиг папы Бенедикта VIII. Брат Бенедикта, Романо, ставший преемником, оказался слишком неопытным и не счел документ, подписанный епископатом Германии, достойным внимания. Дело епископа Арибо понемногу забылось, чему способствовали начавшиеся вскоре события. История с графом Оттоном Хаммерштейнским тоже совершенно не беспокоила нового папу Иоанна XIX.
1024 год начался для императора в высшей степени нерадостно. Его очевидная, бросающаяся в глаза бездеятельность в самый тяжелый час раздора немецкого епископата с Римом означала, что и для императора последний итальянский поход не прошел бесследно, подорвав и без того слабое здоровье Генриха. Почти три месяца Генриху II пришлось провести в постели в Бамберге, прежде чем он, достаточно окрепнув, смог покинуть город.