И позже ее как историка тянуло, прежде всего, не в самые «типично византийские» эпохи и сюжеты. Все ее более или менее конкретные по тематике работы (не говорю сейчас об обобщающих и историографических сочинениях) посвящены либо самому концу византийской истории (кандидатская диссертация), либо ее самому началу (две наиболее крупные монографии). У нее было личное отношение к своим героям, которых она нередко воспринимала как живых людей. Любимой ее эпохой была эпоха Юстиниана (VI в.), когда Византия более всего походила на впечатлявшую ее Римскую империю. Ее привлекали «последние римляне», пытавшиеся отстоять гибнувшую античную культуру, и провозвестники новой культуры вроде Виссариона. А монахи и мистики, споры по поводу догматов и обрядов ей были чужды. Безусловно, она более тяготела к западной культуре, не всегда осознанно. Лишь в 70–80-е гг., когда западничество стало сопрягаться с антисоветизмом, ее взгляды начали меняться. И еще один аспект византийской истории ее задевал лично: роль женщин. Она симпатизировала жене Юстиниана императрице Феодоре, несмотря на известные ее неприятные качества: Феодора была сильной женщиной и играла большую роль в управлении государством. Другой ее любимой героиней была поэтесса Касия, с чувством достоинства ответившая императору, собиравшемуся на ней жениться, и не ставшая из-за этого императрицей. Ей самой приходилось не раз ощущать, что женщине пробиваться в карьере бывает труднее.
До 1948 г. Зинаида Владимировна продолжала работать в Высшей партийной школе и по совместительству в МГУ старшим преподавателем, а затем доцентом. В 1948 г. она перешла из Высшей партийной школы на постоянную работу в Академию наук. После короткого пребывания в Институте славяноведения она с начала 1949 г. пришла в академический Институт истории, с которым (с двухлетним перерывом в 1968–1970) была связана вся дальнейшая ее жизнь. Параллельно она преподавала на кафедре истории средних веков МГУ. Первоначально в академии она работала младшим, а с 1952 г. старшим научным сотрудником в секторе истории средних веков. Пришла она туда, еще когда сектором заведовал Е. А. Косминский, к тому времени академик, всегда хорошо к ней относившийся, но в 1952 г. он был вынужден покинуть свой пост (еще раньше он был отстранен от руководства кафедрой МГУ). Сектор и кафедру возглавила Н. А. Сидорова, деятельность которой сейчас часто оценивают отрицательно в связи с тем, что она активно проводила партийную линию в науке (ее в одной публикации назвали «Сталиным в юбке»). Но конфликт ее с Зинаидой Владимировной не имел идеологического характера: две энергичные и довольно молодые женщины не могли ужиться. Их отношения быстро испортились, и конфликты вспыхивали постоянно. С конца 40-х гг. Зинаида Владимировна также вела основную работу по изданию «Византийского временника». Этот главный печатный орган русской византинистики, перестав выходить после смерти Ф. И. Успенского, был возобновлен сразу после войны. Его официальным главным редактором стал Е. А. Косминский, но (после короткого периода, в который журнал делал Б. Т. Горянов) он фактически передал его своей ученице, исполнявшей должности ответственного секретаря, затем заместителя главного редактора. Участвовала она и в коллективных работах: писала главы по Византии в вузовском учебнике истории средних веков и в многотомной «Всемирной истории». В эти же годы у Зинаиды Владимировны появляются первые ученики, среди которых выделялся Г. Г. Литаврин, впоследствии академик.
Но стоял вопрос о тематике новых работ. После диссертации некоторое время Зинаида Владимировна продолжала изучение Византии XV в., но постепенно ее все более начинал интересовать ранний период византийской истории. Она поступила в докторантуру. В это время ее вызвали на Старую площадь и предложили как молодой коммунистке написать докторскую диссертацию на тему «Комсомол в Великой Отечественной войне». Она решительно отказалась и не без труда добилась утверждения темы по Византии.