Исследование ностратического родства сдерживалось нехваткой данных по многим языкам и группам, изученным не столь хорошо, как индоевропейские языки. К их числу относился и японский язык, изучавшийся Старостиным со студенческих лет. Первым шагом здесь должно было стать сопоставительное исследование собственно японских диалектов и диалектов островов Рюкю на крайнем юге Японии. Диалекты Рюкю родственны японским, но уже в древности значительно от них отличались. Для выявления дальнейших родственных связей японского языка необходимо было восстановить праяпонскую звуковую систему на основе сопоставления японского и рюкюского материала. Первым это стал делать (и тоже в юности) Е. Д. Поливанов (см. очерк «Метеор»), ставший основоположником научного компаративного изучения японского языка. Однако Старостин, основываясь на большем материале и лучше разработанных методах, и здесь, и в вопросе о внешних связях японского языка (см. ниже), пересмотрел результаты Поливанова. Доклад 19-летнего студента назывался «К проблеме реконструкции праяпонской фонологической системы». И уже в студенческие годы он начал также заниматься китайскими реконструкциями, на четвертом курсе он сделал в Институте востоковедения доклад по этой теме.
В 1975 г. Старостин окончил МГУ и поступил в аспирантуру академического Института востоковедения, в котором он затем работал до 1992 г. Темой диссертации была реконструкция древнекитайской звуковой системы. Руководителем числился заместитель директора ИВ АН и заведующий Отделом языков В. М. Солнцев, который был специалистом по современному китайскому языку и не занимался компаративистикой; он ничего не мог дать аспиранту, но и не мешал ему, что тоже было важно. Древнекитайский язык V–III вв. до н. э. – редкий случай, когда фонетику языка, имевшего письменность, можно реконструировать только с помощью сравнительно-исторического метода, поскольку иероглифическое письмо не дает данных о произношении. До Старостина данную систему пытались реконструировать крупные западные китаисты, но лишь у него реконструкция впервые получилась. А работа была закончена, когда автору было 25 лет.
Диссертация была написана, и ее надо было защищать. Но тут к чистой науке присовокупились человеческие взаимоотношения. Разумеется, никто в Отделе языков Института востоковедения не пытался опровергнуть научные положения диссертации, никто не был и против присуждения кандидатской степени. Но появилось предложение (выдвинутое вне института и поддержанное оппонентами и рецензентом) присудить за нее степень доктора, что, разумеется, соответствовало уровню работы. Однако отношение к совсем молодому сотруднику отдела, только что кончившему аспирантуру, было не в его пользу сразу по нескольким причинам. С одной стороны, научный уровень работы в отделе и среди членов диссертационного совета могли оценить немногие. Преобладали специалисты по современным языкам. Если кто и занимался компаративистикой, то это были люди значительно старшего возраста с давно сложившимися взглядами; один из примеров – «герой» моего очерка Н. А. Сыромятников, имевший здесь очень своеобразный подход. С другой стороны, молодой сотрудник раздражал старших непривычным поведением, манерами и слишком явной независимостью взглядов. В очерке о М. С. Капице я уже рассказывал, как Капица, прошедший дипломатическую школу, возмущался слишком неформальным внешним видом младшего коллеги. Но это были времена, когда Старостин уже стал известным ученым. А в аспирантские годы его мятые джинсы и небритая борода привлекали внимание. Однажды к В. М. Солнцеву пришел пожилой сотрудник института из отставных военных и заявил, что небритого и нечесаного Старостина фотографировали иностранцы на фоне институтского здания, потребовав положить этому конец. Солнцев в целом относился к Старостину неплохо, но тут побоялся последствий и, вызвав меня, велел поговорить со Старостиным и убедить его побриться. Каюсь, я выполнил поручение. Но побриться аспирант отказался, мотивируя это тем, что это не примет его жена (тогда речь шла о первой жене). Тем дело и кончилось, и такой же облик и небритую бороду Сергей Анатольевич сохранил до конца, хотя с годами стал выглядеть солиднее.