Бободжан Гафурович понял, что ставку надо делать на молодежь. Поколение 25–30-летних востоковедов разного профиля быстро заняло ведущее положение в институте, начав заниматься проблемами, которые до них никто не изучал. Гафуров не боялся выдвигать молодых сотрудников на руководящие должности, заметно отодвигая в сторону старшее поколение, ранее господствовавшее в институте. И поколение гафуровских выдвиженцев стало ведущим и определяющим в институте на долгие десятилетия, до самого последнего времени, некоторые из него работают до сих пор. А заместителем директора и ученым секретарем стали люди, только что вернувшиеся издалека.
Со времен Таджикистана Гафуров умел работать с людьми. Ученица Н. И. Конрада и Н. А. Невского Фанни Александровна Тодер рассказывала мне, как ее после восьми лет, проведенных вне востоковедения, вдруг в январе 1957 г. вызвали в институт для беседы. Она была принята самим директором в его кабинете. Гафуров вышел навстречу. Он сказал: «Вы много лет были вне своей альма-матер. Но мы исправим ошибку. Нам надо наладить в институте справочно-информационное дело. Прошу Вас помочь». После такого приема истосковавшаяся по работе Тодер уже не могла отказаться от работы в Отделе информации, хотя ей хотелось заниматься исследовательской работой (впоследствии она смогла перейти на нее). И так Гафуров разговаривал со многими поступавшими на работу.
Была после прихода нового директора реорганизована и структура института. В том числе в 1958 г. был создан Отдел языков, в котором я впоследствии работал. Лингвистов института, раньше раскиданных по разным страноведческим отделам, где их «забивали» историки и экономисты, собрали вместе, в однородный коллектив, от чего производительность труда сразу пошла вверх (так же поступили и с литературоведами).
Если прежние директора вольно или невольно оказывались в гуще склок, то Бободжан Гафурович умел стоять над схваткой и гасить конфликты. Борьба «партий» в институте надолго прекратилась. Сыграла здесь роль и ставка на молодежь: приходили свежие силы, не вовлеченные в грызню прежних лет, смотревшие на происходящее совсем по-иному.
Смягчение скандальных ситуаций, умение вовремя взять под контроль происходящее не означали для Гафурова прекращения научных споров и дискуссий. Наоборот, именно при нем в институте все время дискутировали, в том числе по вопросам, которые еще несколькими годами раньше считались абсолютно не подлежащими обсуждению. Конечно, здесь играла роль общественная ситуация в стране после ХХ съезда КПСС, но не все из научных начальников поощряли излишнее «вольнодумство». Гафуров же, как государственно-мыслящий человек, понимал, как важно умело организовать спор, в котором рождается истина. Он не давал этим спорам перерасти в избиение научных противников. Ф. А. Тодер передавала его слова: «В науке нельзя бить по кумполу». А если его подчиненных начинали обвинять в «идейных ошибках» люди, находившиеся вне института, Гафуров всегда старался их защитить. И шли яростные споры по многоукладности, азиатскому способу производства, особенностям капитализма на Востоке, в которых участвовали и сотрудники института, и люди со стороны. Участники дискуссий, как правило, исходили из марксизма, но при этом критически пересматривали многие догматические подходы и положения. Спорили по своим вопросам все: и экономисты, и историки, и лингвисты.
Интеллектуальная свобода в институте по меркам тех лет была значительной, однако, она имела свои рамки, которые четко обозначились во второй половине 60-х гг. Поощрявший свободный поиск истины в профессиональной сфере, Гафуров был жестким начальником, как только речь заходила о политической деятельности его сотрудников. Тут он никогда никого не защищал. Безусловно, он был крупным партийным работником сталинской формации, широким, умным, но не сомневавшимся в своем праве карать за грехи. И так же он не сомневался в правоте коммунистического дела.
Это особенно проявилось весной 1968 г. во время «подписной кампании», когда по Москве прокатилась волна коллективных писем интеллигентов против преследований тех, кого начинали называть диссидентами. Я тогда еще не работал в институте и сам не наблюдал происходившее, но когда поступил в аспирантуру несколько месяцев спустя, эта история еще активно обсуждалась. В некоторых институтах кампания против «подписантов» была как-то смягчена, но не в институте, возглавлявшемся Гафуровым. Двоих (Ю. Я. Глазова и А. М. Пятигорского) уволили, и оба через какое-то время эмигрировали. Других долго прорабатывали, а потом еще несколько лет так или иначе в институте притесняли, не повышали в должности и, разумеется, не выпускали за границу. Директор был как бы в стороне от всех карательных мер, передав основные функции заместителям и парткому. Но все понимали, что каждая акция была согласована с ним.