К моменту переезда Гафурова из Сталинабада в Москву обстановка в Институте востоковедения была далеко не простой. Когда я слышал рассказы об этом и читал стенограммы институтских заседаний тех лет, то невольно вспоминал высказывание одного критика, правда, про другую эпоху: «У нас обилие талантов, и нет только одного – литературы». Институт до 1956 г. не был велик по числу сотрудников, но состоял по большей части из сильных ученых разных поколений, в основном среднего и старшего. Тогда еще востоковедение оставалось «штучной» наукой, когда почти каждый был уникальным специалистом. Но целое из всего не складывалось. Каждый смотрел в свою сторону. Востоковеды сходных специальностей либо не замечали друг друга, либо яростно опровергали оппонентов. Бушевали склоки, причем по обыкновению тех лет каждая из противоборствующих сторон выискивала у своих противников «идейные ошибки» и «отход от марксизма». Например, после выступления И. В. Сталина против Н. Я. Марра филологи института, в большинстве знающие и серьезные люди, несколько лет занимались выискиванием пережитков марризма друг у друга. Руководители института сами были действующими востоковедами, а потому во время такого рода конфликтов отстаивали свою точку зрения и клеймили противоположную, отчего конфликты разгорались еще жарче. С 1950 по 1955 гг. трижды менялись директора, которых «съедали» противники.
Все кончилось знаменитым выступлением А. И. Микояна на ХХ съезде КПСС, где говорилось, что Восток уже пробудился, а Институт востоковедения никак не пробуждается. Тут же в журнале «Крокодил» появилась карикатура, где деятельность института изображалась в стиле иллюстраций к арабским сказкам. Четвертая смена директора стала неизбежной, и кто-то наверху решил более не ставить на должность человека из академической среды, а прислать «сильного администратора» совсем со стороны. Выбор пал на Гафурова, который как раз тогда лишился поста в Таджикистане.
Поначалу нового директора приняли настороженно, слишком чужим он выглядел. Один из виднейших ученых института Н. И. Конрад 26 июля 1956 г. в письме старому другу Т. И. Райнову беспокоился об «очередной пертурбации в востоковедении», когда «призван варяг из Таджикистана», который «вряд ли наведет порядок». К счастью, Конрад ошибся: времена Гафурова, по признанию многих сотрудников, оказались лучшими в истории института. Я застал эту эпоху уже в ее конце, когда обстановка несколько ухудшилась и стала менее творческой. Но и тогда жизнь института была интересной и, насколько могу судить, живее, чем в других гуманитарных институтах академии.
Но вначале перед новым директором стояла сложная задача. Надо было соединить разрозненные силы в единый коллектив, объединить специалистов для решения назревших проблем. Безусловно, все это было связано с активизацией советской политики на восточном направлении, начавшейся в середине 50-х гг. Институт в старом виде не мог здесь помогать ЦК и МИДу и из-за разрозненности специалистов, и из-за нехватки исследователей по современности. Гафуров должен был, прежде всего, обеспечить выполнение заданий сверху. Как опытный партийный работник он понимал, что это нужно. И в то же время он сознавал необходимость комплексного подхода и занятий теорией.
Началась реорганизация института. Старый состав сохранился, но Гафурову удалось, пользуясь связями в «коридорах власти», добиться значительного расширения персонала. Шел целенаправленный поиск людей. Брали только что вернувшихся из лагерей, выгнанных с работы «космополитов», но также отправленных в запас военных и разведчиков; среди всех были квалифицированные специалисты. Но в наибольшей степени расширение состава шло за счет молодежи. В первое послевоенное десятилетие подготовка востоковедных кадров в Москве шла довольно интенсивно. Многих обучили в Московском институте востоковедения, хорошую подготовку давал и Военный институт иностранных языков, существовали восточные группы на историческом и филологическом факультетах МГУ. Как раз в середине 50-х гг. все эти учебные центры были закрыты или реорганизованы, вместо них создали ИВЯ (позднее ИСАА) при МГУ, где возобладал практицизм, который в дальнейшем ухудшит ситуацию с притоком кадров в Институт востоковедения. Но в 1956 г. до этого еще было далеко. В Москве имелось немало перспективных молодых людей со знанием восточных языков, многие из которых не были особенно хорошо устроены. А наука в те годы пользовалась высоким престижем, и шли туда охотно, не то, что сейчас.