В момент отъезда Домбровского из Петербурга Сераковский находился там: это время совпадало с перерывом между его частыми командировками. Источники не позволяют точно воспроизвести их прощальный разговор, но, зная обстановку, можно с большой долей вероятия предполагать, что в напутствии, которое сделал Сераковский своему другу, речь шла об укреплении военной организации и о вовлечении в гражданскую конспирацию рядовых тружеников.
Как бы то ни было, приехав в Варшаву, Домбровский особое внимание уделял, с одной стороны, укреплению городской организации, вовлечению в нее простых людей, а с другой — консолидации, объединению множества мелких военных кружков, являвшихся большой силой; но не всегда согласованно действовавших. Со служебными обязанностями ему удалось устроиться как нельзя лучше. Готовя военно-статистическое обозрение Варшавской губерний, Домбровский не только мог, но и должен был посещать заводы и фабрики, учреждения и предприятия, бывать в военных лагерях, казармах, складах, крепостях, как в Варшаве, так и в ее окрестностях, Больше того, он имел право требовать от соответствующих учреждений сведений о населении, промышленности и сельском хозяйстве, о лесах, реках и озерах, о мостах и дорогах, о транспортных средствах, организации почтовой связи и т. д. Одним словом, он мот бывать везде; где хотел, имел возможность собрать все те данные, которые были ему необходимы как конспиратору.
Значительная часть подпольных кружков Варшавы еще в октябре 1861 года была объединена под руководством Варшавского городского комитета, который стал центром притяжения для всех сторонников вооруженного выступления, образовавших партию красных. В комитет вошли активные деятели манифестационного периода, в их числе писатель Коженёвский, учившийся когда-то в Житомирской гимназии, и бывший студент Киевского университета Игнаций Хмеленский (в Дворянском полку Домбровский был вместе с его братом Зыгмунтом). Но приезде Домбровский сразу же включился в работу комитета. В течение нескольких недель он приобрел такую популярность, что был назначен на очень важный и ответственный пост повстанческого начальника города. Это дало ему возможность сосредоточить в своих руках все важнейшие нити варшавского подполья. Из
Городская организация строилась по десятичной системе. Надежный человек, принятый в организацию, имел право принять до десяти новых членов из числа хорошо известных ему лиц, называясь при этом десятским. В дальнейшем отдельные участники группы могли образовать каждый свой самостоятельный десяток. Тогда все вместе они образовывали сотню, руководителем которой становился десятский из первого десятка, получая при атом звание сотского. Сотни, в свою очередь, могли образовывать тысячу, возглавляемую тысяцким. Тысячи подчинялись городскому комитету либо непосредственно, либо через уполномоченного по соответствующему району Варшавы. Рядовому члену организации полагалось знать только своего десятского и товарищей по десятку; десятским полагалось знать своего сотского, сотским — своего тысяцкого, но они не должны были знать никого на остальных руководящих деятелей организации.
Каждый член конспиративной организации должен был вносить в ее кассу через своего десятского тридцать копеек в месяц. Кроме этого, собирались добровольные взносы от членов организации и сочувствующих лиц. Все вновь принимаемые приносили следующую присягу: «Отныне я вступаю на службу отчизне и посвящаю ей все, что имею. Я буду слушаться национальной власти в лице указанного мне начальника и явлюсь по первому зову, не медля ни минуты. Я не буду пытаться узнавать и расспрашивать о том, кто стоит во главе организации, а все, что услышу, сохраню в глубокой тайне». Принятие присяги осуществлялось в торжественной обстановке в нескольких специально оборудованных помещениях, куда будущих членов организации приводили маленькими группами. Одно из помещений для принесения присяги находилось во дворце Потоцких на главной улице Варшавы — Краковском Предместье, другое — на Кривом Кольце. Были и другие пункты, куда в установленные дни иногда приходил для приема присяги и начальник города.