В январе 1942 – мае 1943 г. – штурман звена 748‐го ап дд, в мае 1943 – мае 1945 г. – штурман 16‐го гв. ап дд. 14 февраля 1942 г. его самолёт был подбит огнём зенитной артиллерии. Лётчик И.Ф. Андреев с помощью штурмана С.П. Алейникова (взявшего второе управление) сумел перетянуть горящий самолёт через линию фронта и совершить вынужденную посадку в поле.
25 августа 1942 г., когда полк летал бомбить Берлин, Алейников с экипажем вторично не вернулся на свой аэродром. Самолёт был подбит фашистскими истребителями. Загорелось правое крыло, огонь стал подбираться к кабине. Командир приказал всем выброситься с парашютом. Благодаря сильному западному ветру удачно приземлились на своей территории.
5 сентября 1942 г. Алейников прокладывал путь на Будапешт. Самолёт часто попадал в нисходящие и восходящие потоки воздуха. Иногда машина проваливалась на 500–600 метров. Над Будапештом погода улучшилась. После того как на военные объекты сбросили бомбы, возникло несколько очагов пожара.
13 сентября 1942 г. штурман Алейников в составе 1‐й эскадрильи 2‐го гв. ап дд в наносил бомбовые удары по военно-промышленным объектам Данцига и Тильзита. В Данциге возникло большое число очагов пожара, из них 7 – крупных. Лишь в районе складов портового управления в данцигской верфи было зафиксировано 9 очагов пожара и несколько взрывов.
С 17 по 27 сентября 1942 г. штурман Ил‐4 Алейников принимал активное участие по разгрому группировок противника в районе Сталинграда, делая по 2 боевых вылета в ночь, что составило 16 вылетов. 20 сентября бомбардировал скопление войск противника в районе Сталинграда, в результате бомбометания возник сильный взрыв – прямое попадание в склад с боеприпасами.
К 25 мая 1943 г. Алейников, летая в экипаже И.Ф. Андреева, совершил 172 боевых вылета. Экипаж подверг бомбардировке скопления железнодорожных эшелонов с боеприпасами и мотомехчастями на станциях Брянск, Витебск, Смоленск, Минск, Гомель, Орёл, Вильно, Курск, Двинск, Псков, Невель, Дно, Сычёвка, Щигры, Вязьма, Барановичи, Полоцк. Подверг бомбардировке скопления войск и живой силы противника в районах: Ржев, Гжатск, Сычёвка, Витебск, Сталинград.
В конце мая 1943 г. Алейникова назначили штурманом 16‐го гв. ап дд. Он стал летать в экипаже подполковника А. Цейгина. Командование доверяло майору Алейникову самые ответственные боевые задания. К маю 1944 г. он совершил 221 боевой вылет на разведку и бомбардировку объектов в глубоком тылу врага, не имея ни одного случая потери ориентировки. Над целью всегда делал по 3–4 захода. Бомбил противника только прицельно.
Участвовал в Ржевско-Сычёвской и Великолукской операциях, Сталинградской и Курской битвах, Орловской, Смоленско-Рославльской, Витебско-Оршанской, Минской, Полоцкой, Вильнюсской, Таллинской, Рижской, Восточно-Померанской, Кёнигсбергской и Берлинской операциях.
Всего за время войны совершил 236 боевых вылетов на Ер‐2 и Ил‐4 (из них 208 – ночью) для нанесения бомбовых ударов по целям в тылу противника.
За мужество и героизм, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, указом ПВС СССР от 19 августа 1944 г. подполковнику Алейникову С.П. присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 4078).
После войны продолжал службу в ВВС штурманом бап (в Белорусском военном округе). С августа 1946 г. подполковник С.П. Алейников – в отставке. Жил в Москве. Умер 19 сентября 1983 г. Похоронен на Кунцевском кладбище в Москве.
Заслуженный штурман-испытатель СССР (21.08.1964), подполковник.
Награждён 2 орденами Ленина (25.03.1943; 19.08.1944), орденами Красного Знамени (20.02.1942), Александра Невского (13.07.1945), Отечественной войны 1‐й степени (20.06.1942), Красной Звезды (3.11.1944), 12 медалями.
Почётный гражданин Минска. В г. Могилев в его честь названа улица.
Родился 17 (30) марта 1914 г. в с. Рыбное Рязанской губернии. В армии с декабря 1936 г. В 1937 г. окончил Оренбургскую военную авиационную школу лётчиков и лётчиков-наблюдателей. Служил в ВВС стрелком-бомбардиром и лётчиком-наблюдателем в тбап, штурманом в АОН-2 в Орловском военном округе (в Воронеже). Участник войны против японцев в Китае: в августе 1939 – январе 1940 г. – лётчик-наблюдатель в бомбардировочной эскадрилье под командованием Н.А. Козлова. Совершил несколько боевых вылетов на бомбардировщике ДБ‐3А. После возвращения из Китая продолжал службу в ВВС штурманом звена резервного авиаполка (в Орловском военном округе).