Внезапно ее разбудил окровавленный человек, упавший на нее с криком: «Наварра, Наварра!» Это был Габриель де Леви, граф де Леран, за которым гнались королевские гвардейцы. Их капитан де Нансе из уважения к королеве Наваррской сохранил ему жизнь. Обезумевшая от ужаса, Маргарита сменила окровавленную сорочку, накинула халат и побежала к своей сестре, герцогине Лотарингской. В трех шагах от нее был убит алебардой какой-то несчастный. Первый дворянин ее мужа Миоссанс и его камердинер д'Арманьяк бросились к ее ногам, умоляя спасти им жизнь. Наконец ей удалось добраться до покоев короля, где она, упав на колени, стала молить его о милосердии.
Между тем Генрих и его спутники были задержаны во дворе Лувра и препровождены к королю вместе с принцем Конде. Стоявшая у дверей королевской опочивальни стража пропустила только принцев. «Прощайте, друзья мои; Бог знает, увидимся ли мы снова!» — сказали они. Остальных вытолкнули во двор вместе с теми, кто был застигнут в постели, и убили. «Можете себе представить, — воскликнет позже Генрих, — какое потрясение я испытал, видя, как убивают чуть ли не у изголовья моей кровати моих друзей и сподвижников».
Так погиб его гувернер Гулар де Бовуа, его бывший гувернер Лаварден, канцлер Наварры Барбье де Франсур, почти все дворяне и слуги, не считая таких верных друзей, как Ла Рошфуко… Пока истребляли дворян, Карл IX держал принцев в своей спальне. Он упрекал их за участие в заговоре против него, но, принимая во внимание их королевскую кровь, пообещал сохранить им жизнь, если они немедленно отрекутся от ереси. Генрих, привыкший с детства переходить из одной религии в другую, не противился воле кузена, но Конде, унаследовавший непреклонность отца, ответил, что отчитывается за свою религию только перед Богом и угрозы не заставят его отказаться от истинной веры. Вышедший из себя Карл IX назвал его безумцем, бунтовщиком, мятежником и сыном мятежника и пообещал через три дня казнить его, если он не передумает.
За стенами Лувра резня началась с адмирала, которого пронзили кинжалами и выбросили в окно, с ним погибли Телиньи, маркиз де Ренель, и барон де Пон. Убийства распространялись как пожар, принимая масштабы яростной охоты. Враждебное отношение к протестантам высвободило кровожадные инстинкты толпы, к ним примешались жажда наживы, ненависть к богатым, сведение личных счетов. Сатурналия, превратившая парижан в безжалостных охотников на людей, длилась всю ночь. Травля иногда заканчивалась у воды, людей топили в Сене, уцелевших вылавливали, чтобы зарезать. Многих бросали в колодцы, мужчинам, женщинам и детям вспарывали животы, перерезали глотки, топили баграми, расстреливали с крыш из аркебуз.
Пока оцепеневшие от ужаса принцы слушали доносящиеся до них вопли боли и отчаяния, нескольким гугенотам удалось ускользнуть через предместье Сен-Жермен, среди них были видам Шартрский, Монгомери и Сегюр-Пардальян. Юный дворянин знатного происхождения избежал смерти, спрятавшись в каморке Бургундского коллежа, ему было двадцать лет, и звали его Максимилиан де Бетюн.
Сначала королева-мать и ее сын были поражены потоками крови. Противоречивые приказы, разосланные наместникам провинций, свидетельствуют об их растерянности. Смертоносное безумие продолжалось в провинциях несколько месяцев, но некоторые наместники и некоторые города не допустили массовых избиений. В своей официальной переписке король представляет резню то как неконтролируемое столкновение двух враждующих группировок, то как действия, необходимые для общественного блага. В конце концов он остановился на последней версии, и чтобы подтвердить существование гугенотского заговора, выбрал две искупительные жертвы — двух человек, спрятавшихся в английском посольстве, сеньора де Брикмо, одного из лучших военачальников Франции того времени, и Арно де Кавеня, члена парламента Тулузы. Они были осуждены, потом подвергнуты пытке и казнены в присутствии Карла IX и Генриха Наваррского.