Парижане, узнав новость, заволновались. Город уподобился пороховой бочке. Недавно он пополнился огромным количеством нищих крестьян, оставивших свои деревни из-за неурожая. Неслыханная роскошь свадебных торжеств разбудила в них низменные инстинкты. Францисканские проповедники с амвонов разжигали гнев католиков против еретиков и против тех, кто им потворствует. Не пощадили даже королеву-мать и короля. Их сравнивали с ветхозаветными властителями Ахавом и Иезавелью, осужденными по слову Господа на вечное проклятье.
Единственным спасением для гугенотов было бегство. Некоторые к тому времени уже уехали.
В пятницу, во второй половине дня Генрих Наваррский, Конде и Ла Рошфуко попросили разрешения у короля уехать, так как «в Париже они не чувствуют себя в безопасности». Карл IX — возможно, искренне — стал их разубеждать, сказав, что в Лувре им нечего бояться, и даже предложил перенести адмирала во дворец, в апартаменты Маргариты. Гугеноты вернулись на улицу Бетизи и стали совещаться на втором этаже, чтобы не утомлять раненого. Кроме видама Шартрского, Жана де Феррьера, никто не догадался, что драма только начинается, поэтому только он настаивал, чтобы все покинули Париж, забрав с собой адмирала. Телиньи и Брикмо, наоборот, хотели остаться и держать оборону в доме. Этого же мнения придерживались принцы, доверявшие королевскому слову. Телиньи отправился в Лувр потребовать вооруженную охрану. Герцог Анжуйский послал пятьдесят аркебузиров, которых разместили в двух лавках по соседству с воротами, но их командиром был капитан королевской гвардии Жан де Монлезен. Генрих знал, что он враг адмирала, и сразу забеспокоился. Поэтому в субботу в дом принесли оружие и кирасы, а Генрих вызвал пять швейцарцев из своей личной охраны.
В субботу, во второй половине дня, когда Карл IX послал узнать о самочувствии раненого, а Маргарита отправилась навестить его, Екатерина собрала своих советчиков в аллее парка Тюильри. Там составили список тех, кто должен умереть. На этот раз королева-мать действительно приняла решение о массовом убийстве, она боялась, что гугеноты подготовят переворот, а Карл IX и в самом деле будет преследовать виновников неудавшегося покушения на адмирала. Во время ужина она услышала, как гасконец Пардальян угрожал тем, кто осмелится чинить препятствия правосудию. Первой ее целью было уговорить короля и вырвать у него согласие. Рец поспешил вечером к королю, чтобы разоблачить протестантский заговор с целью этой же ночью захватить его мать, брата герцога Анжуйского и его советников. Он сказал, что королева-мать и его брат именно поэтому и дали согласие на покушение. Король был ошеломлен и долго противился уговорам убийц, потом — на грани нервного срыва — уступил. После его согласия предумышленная бойня приняла характер наказания группы мятежников, посягнувших на королевскую власть. Составили их список, обсудили несколько имен и по просьбе герцога Неверского вычеркнули Конде и Генриха Наваррского.
Поздно вечером в Лувр вызвали представителей городских властей и приказали им принять чрезвычайные меры, закрыть ворота и вооружить горожан. В качестве сигнала для начала бойни договорились использовать набат колокола церкви Сен-Жермен-л'Оксерруа.
Маргарита оставила захватывающий рассказ об этой ночи. Обе партии ей не доверяли и держали в неведении, но ее не покидало ощущение надвигающейся катастрофы. Во время вечерней аудиенции королева-мать, увидев, что она сидит на ларе рядом с сестрой, герцогиней Лотарингской, приказала ей идти спать. Герцогиня, которая была посвящена в тайну, обняла ее и взволнованно сказала: «Ради Бога, сестра, не ходите туда», но разгневанная Екатерина повторила свой приказ. Марго вышла из спальни матери, «похолодев от ужаса, не зная, чего я должна бояться». Ее муж покинул особняк адмирала, расставив во дворе своих гвардейцев. Потом после вечерней аудиенции короля он лег в постель.
Когда его жена вошла в спальню, она увидела, что брачное ложе «окружено примерно тридцатью гугенотскими дворянами, которых я не знала, так как была замужем совсем недавно». Они всю ночь говорили о несчастном случае с адмиралом, решив, что утром пойдут к королю требовать наказания для герцога Гиза, и если он не согласится, расправятся с Гизом сами. До их спальни не дошел шум побоища, и они ничего не знали о начавшейся резне. Генрих на рассвете отправился со своей свитой играть в мяч, а его жена наконец уснула.