И если за успешную вакцинацию животных Пастеру были благодарны крестьяне, то за методику профилактических прививок от бешенства — все человечество. Интересно, что над этой проблемой ученый работал практически «вслепую»: возбудитель бешенства — фильтрующийся вирус — был даже не видим в микроскоп (его обнаружили лишь в 1903 г.). Однако Пастер считал: «Вовсе не обязательно нам видеть возбудителя болезни — важно знать, что он существует, и установить, где именно обитает. Мы будем выделять этот яд, не думая о том, как он мог бы выглядеть под микроскопом, если бы нам удалось его увидеть. В этом есть даже некоторая доля поэзии: пусть наша незнакомка так и останется незнакомкой, лишь бы она полюбила нас…»
При разработке вакцины против бешенства Пастер использовал особым образом высушенный мозг зараженных бешенством кроликов. Многочисленные опыты на животных дали положительные результаты, но испытать это средство на людях ученый никак не мог решиться. Сначала Пастер даже подумывал о том, чтобы привить ослабленный яд бешенства всем собакам во Франции. Но потом он понял, что это невозможно и четырнадцать прививок надо делать не собакам, а людям, укушенным бешеной собакой. В лабораторию Пастера начали приходить письма с просьбой прислать вакцину для лечения. Но Пастер все никак не мог решиться, опасаясь смертельного исхода для человека. Он даже хотел ввести вакцину себе.
И тут случай положил конец его колебаниям. 6 июля 1885 г. одна убитая горем женщина привезла к Пастеру из Эльзаса своего сына Жозефа Мейстера, искусанного бешеной собакой два дня назад. Мальчик был обречен на неминуемую смерть. Пастер ценой невероятных моральных мучений решился испробовать на нем свою прививку. Трудно дался ему этот опыт. Он проводил ночи без сна, надежда сменялась отчаянием, пока не были сделаны все прививки. Но как он был счастлив, когда ребенок остался жив и здоров! Его научное предвидение оправдалось, и путь к спасению сотен и тысяч жизней был открыт. Люди поверили Пастеру. Теперь укушенные страдальцы со всех концов света стали стекаться в лабораторию этого волшебника на улице д’Юльм.
Так, 13 марта следующего года на улицах Парижа появилось 19 искусанных смоленских крестьян, которые повторяли только одно слово — «Пастер». Ученый пошел на большой риск, ведь со времени трагедии прошло две недели. Он решил удвоить русским прививки — делать их утром и вечером. Умерло три человека, а остальные выжили и выздоровели. И сами, не веря в свое спасение, славя Пастера, отбыли на родину. Там их встретили как воскресших из мертвых.
Весь мир признал новое открытие ученого. Его лаборатория на время превратилась в фабрику по производству вакцин. В разных странах появились пастеровские станции, делающие прививки против бешенства. Первая из них открылась в Одессе 12 июня 1886 г., и здесь работали такие выдающиеся русские ученые, ученики Пастера, как Илья Ильич Мечников и Николай Федорович Гамалея.
Восторженные почитатели Пастера со всего мира перечислили два с половиной миллиона франков на строительство лаборатории для ученого, а обезумевшая от восторга Франция признала его своим достойнейшим сыном и наградила орденом Почетного легиона. Но даже теперь государство не пошло на уступки, и Пастеру пришлось покупать землю под строительство. Ученому и его последователям еще долго пришлось вести борьбу за признание нового способа предупреждения заразных болезней. Пастера упрекали в том, что он опровергает научные взгляды, существовавшие столетиями, подвергали сомнению его опыты. Достаточно было одной неудачи, чтобы получить обвинение в том, что он своими прививками заражает и убивает людей. Все это не могло не отразиться на его здоровье, и, когда в Париже в 1886 г. все же было начато столь долгожданное строительство, Пастера настиг второй инсульт с расстройством речи. Теперь он все больше времени вынужден был проводить вне лаборатории.
Торжественное открытие первоклассного Пастеровского института — нового храма науки на улице Дюто — состоялось 14 ноября 1888 г. В большом зале библиотеки нового института собралось множество народа. Пастер пришел в сопровождении всей семьи, взволнованный и бледный, с красными от бессонницы глазами и измученным, утомленным лицом. Он уже с трудом говорил. В гулкой тишине зала раздавались слова великого ученого: «В мире борются два противоположных закона: один — закон крови и смерти, который каждый день придумывает все новые способы войны, который заставляет людей быть постоянно готовыми идти на поля сражения, и второй закон — закон мира, труда и благоденствия, который ставит себе целью избавить человечество от преследующих его несчастий. Этот второй закон, которому подчиняемся все мы, стремится даже во время жестоких войн спасти многочисленные жертвы этих войн». Пастер старался скрыть от посторонних слезы горечи и старческого бессилия, непрестанно навертывавшиеся на глаза, — работать в институте, названном его именем, он был уже не в состоянии.