В 1865 г. судьба в образе старого профессора Дюма снова постучалась в его дверь. Он предложил Пастеру превратиться в… лекаря шелковичных червей. После целого ряда неудач и разочарований ему в конце концов удалось выяснить точную причину заболеваний червей. Ими были бактерии — паразитирующая пебрина и грибок флашерия. На решение этой проблемы потребовалось 15 лет (с небольшими перерывами). В результате чего он опубликовал фундаментальный труд и научил жителей, как определять и сортировать здоровых червей и как отделять их от соприкосновения с зараженными листьями, испачканными испражнениями больных червей. Работа Пастера по заболеваниям тутового шелкопряда имела большую коммерческую ценность. Как говорили жители южной Франции, где развито шелководство, за это ему следовало бы поставить памятник из чистого золота, но и из этих прибылей он не получил ни франка для своей лаборатории.
Во время этой работы в 1868 г. с Пастером произошло несчастье — кровоизлияние в мозг. Левую половину тела частично парализовало. К нему примчались все: начиная от старых учителей и заканчивая студентами и вовсе незнакомыми людьми. И лишь Дюма, заметив блеск в глазах Луи, сказал: «Он будет жить, и он еще многое сделает для науки, для Франции, для человечества. Вот увидите!» У Пастера и впрямь было огромное желание жить, ведь его ждала неоконченная работа. Он вернулся к научным исследованиям, жалуясь, что «продуктивность мозга значительно снизилась».
В это время Пастер наконец-то стал получать признание и от научной общественности. Он стал президентом Французского химического общества. За вклад в снижение смертности рожениц и гангренозных больных в 1873 г. Пастер был избран членом Французской медицинской академии. Но, несмотря на его многочисленные научные победы, многие биологи и врачи долго «не прощали» Пастеру его химического образования, ведь он вторгся в «заповедную» область живого, победил болезни, с которыми не справлялись врачи. Даже выдвигая его в состав академии, ученые мужи сумели уколоть Пастера: они избрали его не за успехи в изучении микроорганизмов, а за его ранние работы по стереохимии. А через два года за услуги, оказанные науке и родине, ученому присудили Национальную премию — пожизненную пенсию в размере 12 тыс. франков ежегодно (в 1883 г. увеличилась до 26 тыс. франков).
Казалось, что теперь можно было бы спокойно почивать на лаврах, но перед 50-летним Луи Пастером вдруг возникла очередная проблема, требовавшая его срочного вмешательства, — сибирская язва, а значит, и другие инфекционные заболевания. Благодаря предыдущим исследованиям ученого стали возможными уничтожение микроорганизмов и контроль микробного заражения. Эти работы Пастера показали ошибочность распространенного в медицине того времени взгляда, согласно которому любые болезни возникают либо внутри организма, либо под влиянием испорченного воздуха (миазмов). Однако, он не удовлетворился открытием причины возникновения этих болезней. Он искал надежный способ борьбы с ними. И нашел! Способ этот — прививки, в результате которых в организме создается невосприимчивость к определенному заболеванию (иммунитет).
Пастер первым в мире сформулировал и блестяще обосновал на опытах идею создания искусственного иммунитета. Ученый доказал, что болезни, которые теперь называют заразными, могут возникать только в результате заражения — проникновения в организм из внешней среды микробов, и что инфекции, вызванные стафилококком, стрептококком и пневмококком, можно предотвратить, вводя в организм ослабленные микроорганизмы. Луи Пастер создал первые вакцины против холеры у кур, сибирской язвы и рожи.
За сегодняшними успехами в области вакцинопрофилактики стоит огромная работа Пастера — человека, наделенного лучшими качествами, которыми природа может одарить исследователя: талантом и преданностью своему делу. Во время этой работы рядом с ученым было четыре высококлассных специалиста-медика: Ру, Шамберлен, Жубер и Тюилье. Беспредельно верящие в гениальность своего руководителя, они умудрялись разными способами выполнять сумасшедшие опыты, на которых он настаивал. Пастер создал мировую научную школу микробиологов, многие из его учеников впоследствии стали крупнейшими учеными. Ученый говорил своим последователям: «Быть уверенным, что открыл важный научный факт… напрягать все силы, чтобы самому разрушить плоды своих трудов, и не провозглашать полученного результата, пока не испробовал всех ему противоречащих гипотез, — да, это тяжелый подвиг». Он призывал молодежь учиться, любить свой народ и человечество: «Скажите себе сначала: что сделал я для своего образования? Затем, по мере того как вы будете продвигаться в жизни: что сделал я для своей страны?»