7 апреля 1521 г. флотилия бросила якоря у острова Себу, где находился крупный порт и резиденция раджи. Искренне религиозный Магеллан настаивал, чтобы островитяне приняли христианство без расчета на какие-либо материальные выгоды, но, сам того не желая, убедил туземцев, что на благожелательное отношение со стороны могущественного испанского короля они могут рассчитывать лишь в том случае, если отрекутся от старой веры и будут поклоняться кресту.
14 апреля властитель Себу Хумабон решил креститься. Хитрый раджа, именовавшийся теперь Карлосом, заручился поддержкой Магеллана против своих недругов-язычников и, таким образом, в один день подчинил себе всех, кто оспаривал его власть. Кроме того, Хумабон заручился обещанием, что когда Магеллан вернется на Филиппины во главе большого флота, то сделает его единоличным правителем всех островов в награду за то, что раджа принял христианство первым. Более того, к повиновению начали приводить и правителей близлежащих островов. Однако вождь одного из таких островов, Мактана, по имени Силапулапу, не желал подчиниться Карлосу-Хумабону. Тогда генерал-капитан решил применить силу.
27 апреля 1521 г. шестьдесят вооруженных мужчин в латах, с несколькими небольшими орудиями, сели в лодки и отправились на Мактан. Их сопровождали несколько сот воинов Хумабона. Однако удача отвернулась от испанцев. Магеллан недооценил противника, не вовремя вспомнив историю завоевания Мексики Кортесом, когда горстка испанцев сумела овладеть целой страной. В битве с воинами Мактана его закаленные в битвах спутники потерпели поражение, а сам генерал-капитан сложил голову. Во время отступления к лодкам туземцы настигли его в воде. Раненный в руку и ногу, и без того хромой Магеллан упал. Дальнейшее красноречиво описал хронист экспедиции Антонио Пигафетта: «Капитан упал лицом вниз, и тут же его закидали железными и бамбуковыми копьями и начали наносить удары тесаками до тех пор, пока не погубили наше зерцало, наш свет, нашу отраду и нашего истинного вождя. Он все время оборачивался назад, посмотреть, успели ли мы все погрузиться в лодки…»
Последующие события свидетельствуют о правоте Пигафетты, назвавшего Магеллана «истинным вождем». Видимо, лишь он мог держать в узде эту алчную свору, готовую в любой момент на предательство.
Его преемники не смогли удержаться на завоеванных позициях. Первым делом они с лихорадочной поспешностью доставили на корабли выменянные товары. Потом один из новых вожаков бездумно оскорбил малайца Энрике, и тот склонил Хумабона к предательству. Часть испанцев раджа заманил в ловушку и приказал уничтожить, а за оставшегося в живых капитана «Консепсьон» Хуана Серрау потребовал выкуп. Видя в нем соперника, временно назначенный командиром флотилии Жуан Карвалу бросил товарища и велел поднимать паруса.
В живых осталось около ста двадцати человек. На трех кораблях они на ощупь, часто меняя курс, все же добрались до Молуккских островов, по дороге уничтожив изъеденную червями «Консепсьон». Здесь они, не думая о возможной опасности со стороны местного населения, где испанцев не слишком любили, и трудностях пути на родину, бросились скупать пряности. Наконец «Виктория» под командованием Эстебана Элькано покинула Молукки, а тяжелогруженый «Тринидад» остался для ремонта. В конце концов его экипаж, сделавший неудачную попытку добраться до Панамы, оказался в плену. Долгое время его члены томились в тюрьмах и на плантациях, сперва на Молуккских островах, а затем на островах Банда. Позже их отправили в Индию, где они жили подаянием и находились под неусыпным надзором властей. Лишь пятерым в 1527 г. посчастливилось вернуться на родину.
А «Виктория» под командованием Элькано, старательно обходя пути следования португальских кораблей, пересекла южную часть Индийского океана, обогнула мыс Доброй Надежды и через острова Зеленого Мыса 8 сентября 1522 г. прибыла в испанскую гавань Сан-Лукар. Из ее экипажа в живых осталось всего 18 человек (по другим данным — 30).
На родине морякам пришлось несладко. Вместо почестей им досталось публичное покаяние за один «потерянный» день (в результате движения по часовым поясам вокруг земли). С точки зрения церковников, это могло случиться только в результате нарушения постов.
Элькано, правда, почестей удостоился. Он получил герб, изображающий земной шар с надписью «Ты первый объехал вокруг меня», и пенсию в пятьсот дукатов. А о Магеллане никто и не вспомнил.