В списках маленькой флотилии числилось 265 человек: командиры и кормчие, боцманы, канониры, рядовые матросы, священники, плотники, конопатчики, бондари, солдаты и люди, не имевшие определенных обязанностей. Весь этот разношерстный многонациональный экипаж (в его составе помимо испанцев и португальцев находились также итальянцы, немцы, французы, фламандцы, сицилийцы, англичане, мавры и малайцы) нужно было держать в повиновении. А недовольство началось едва ли не с первых недель плавания. Агенты португальского короля проникли на корабли, а стараниями португальского консула в Севилье Алвариша трюмы частично были заполнены гнилой мукой, заплесневелыми сухарями и тухлой солониной.
26 сентября мореплаватели достигли Канарских островов, 3 октября взяли курс на Бразилию, а 13 декабря вошли в бухту Рио-де-Жанейро. Отсюда мореплаватели двинулись на юг вдоль южноамериканского побережья в поисках прохода в «Южное море», причем двигались только днем, чтобы в темноте не пропустить его. 31 марта 1520 г. корабли вошли в бухту Сан-Хулиан у берегов Патагонии для зимовки.
Вскоре Магеллану пришлось отдать приказ о сокращении рациона. Однако часть экипажа воспротивилась такому решению и начала требовать возвращения в Испанию, но получила решительный отказ. Тогда во время празднования Пасхи главари мятежников, воспользовавшись тем, что основная часть экипажей сошла на берег, захватили три корабля.
Магеллан решил применить силу и хитрость. Несколько верных ему людей он отправил на «Викторию» с письмом к мятежному казначею Луису де Мендосе. Его закололи во время чтения письма, а экипаж не оказал никакого сопротивления. На следующий день два мятежных капитана, Гаспар де Кесада и Хуан де Картахена, попытались вывести свои корабли из бухты, но путь им преградили «Тринидад», «Сантьяго» и отбитая у мятежников «Виктория». «Сан-Антонио» сдался без сопротивления. Командовавший им Кесада был тут же арестован, а через некоторое время был пленен и Картахена.
По приказу Магеллана мертвое тело Мендосы было четвертовано, Кесаде отрубили голову, а Картахену и предателя-священника Педро Санчеса де ла Рейна оставили на берегу. Однако мятежные матросы не пострадали. Им была дарована жизнь, главным образом потому, что они были необходимы для судовых работ.
Вскоре эскадра, потерявшая при рекогносцировке «Сантьяго», двинулась дальше на юг. Однако предательства на этом не закончились. 1 ноября, когда эскадра уже шла искомым проливом, позже названным Магеллановым, кормчий Иштебан Гомиш, воспользовавшись тем, что его корабль оказался вне пределов видимости с остальных судов, захватил «Сан-Антонио» и сбежал в Испанию. Магеллан так никогда и не узнал о предательстве, как не узнал и того, какую роковую роль сыграл Гомиш в судьбе его семьи. Прибыв в Испанию, дезертир обвинил своего генерал-капитана в измене королю. В результате Беатрис с детьми была подвергнута домашнему аресту и дознанию. Ее лишили казенного пособия и оставили в жестокой нужде. Ни она, ни ее сыновья не дожили до возвращения экспедиции. А Гомиш за «выдающиеся заслуги, оказанные флотилии Магеллана», был удостоен королем рыцарского звания.
28 ноября корабли Магеллана вышли в океан, по которому еще не плавал ни один европеец. Погода, к счастью, оставалась хорошей, и мореплаватель назвал океан Тихим. Пересекая его, он прошел не менее 17 тыс. км и обнаружил много мелких островов, но неточные исчисления не позволяют отождествить их с какими-либо конкретными точками на карте. Бесспорным считается лишь открытие в начале марта 1521 г. двух обитаемых островов, Гуама и Рота — самых южных из группы Марианских островов. Магеллан назвал их Разбойничьими. Островитяне похитили у мореплавателей лодку, и генерал-капитан, высадившись с отрядом на берег, сжег несколько туземных хижин.
Почти четыре месяца продолжалось это плавание. Несмотря на отсутствие характерных для этого района ураганов, людям пришлось очень несладко. Они были вынуждены питаться сухарной пылью, смешанной с червями, пить гнилую воду, есть воловьи кожи, древесные опилки и корабельных крыс. Эти твари казались им чуть ли не деликатесом и продавались по полдуката за штуку.
Экипаж замучила цинга, многие умерли. Но Магеллан продолжал уверенно вести эскадру вперед и как-то на предложение вернуться заявил: «Мы будем идти вперед, хотя бы пришлось съесть всю воловью шкуру».
Наконец 15 марта 1521 г. экспедиция оказалась вблизи острова Самар (Филиппины), а через неделю, двигаясь по-прежнему на запад, прибыла к острову Лимасава, где раб Магеллана, малаец Энрике, услышал родную речь. Это означало, что путники находятся где-то вблизи островов Пряностей, т. е. почти выполнили свою задачу.
И все же генерал-капитан стремился дойти до заветных островов. Однако он решил на некоторое время задержаться, чтобы обратить филиппинцев в христианство.