В бурные события торжества контрреволюции в Лионе невольно оказался вовлечен и Шарль. Местные власти реквизировали в лавке молодого купца Фурье даже тюки с хлопком, которые пошли на сооружение баррикад, а сам хозяин лавки был мобилизован в войска мятежников. По приказу роялиста Преси и графа Вирье, стоявших во главе обороны, каждый день проводились вылазки, стоившие многих жертв и осаждающим и осажденным. Во время одной из таких вылазок Фурье едва не погиб. Для подавления мятежного Лиона Конвент отправил своих виднейших членов — Кутона, Колло д'Эрбуа, Дюбуа-Крансе, Фуше и других, наделив их неограниченными полномочиями.
8 октября, исчерпав все средства к обороне, Лион капитулировал. Конвент принимает декрет, по которому создает «чрезвычайную комиссию из пяти членов, чтобы немедленно наказать лионскую контрреволюцию по законам военного времени». Жителям Лиона предложено «сдать свое оружие защитникам революции». Город должен быть разрушен, все дома, где жили состоятельные люди, — уничтожены. Сохранить только те дома, в которых могла бы расселиться беднота. Чтобы стереть всякую память о мятеже, Конвент предписал: «название Лион вычеркнуть из списка городов республики», назвать его Виль-Афроши (Освобожденный город), а «на развалинах Лиона возвести колонну, которая будет вещать грядущим поколениям о преступлениях роялистского города следующей надписью: «Лион боролся против свободы — Лиона больше нет».
Осуществляя этот приговор, уполномоченные Конвента начали бессмысленную и жестокую расправу с мятежниками. Поля Бретто пропитались кровью сотен расстрелянных. Город был превращен в груду развалин и пепла.
С вступлением войск Конвента в город Шарль Фурье был арестован. В одном из автобиографических отрывков он впоследствии писал: «Каждый из нас, чтобы спасти себя, не задумывался лгать революционному комитету. Что касается меня, то в один день я обманул три раза комитет и тех, кто у меня делал обыск. В один день я три раза избежал гильотины и думаю, что поступил хорошо, как бы о том ни судили господа моралисты». Фурье был освобожден, но через несколько дней вновь арестован. На сей раз откупился карманными часами и большой коллекцией игральных карт, которой очень дорожил. Здраво рассудив, что в третий раз искушать судьбу не стоит, Шарль поспешил бежать из Лиона в Безансон.
Родной город встретил его неприветливо: местная полиция нашла, что бумаги Фурье не в порядке, и он впредь до рассмотрения своего дела был водворен в тюрьму. Не желая огорчать семью, он никому не дал знать о своем возвращении в город.
Конечно, весть об аресте Шарля в конце концов достигла семьи Фурье, и только через посредничество шурина, который оказался членом безансонского революционного комитета, он был вскоре освобожден.
Лионский мятеж заставил Фурье многое перечувствовать. К тому же он был совершенно разорен. Свое разорение он перенес спокойно, и впоследствии его ученики никогда не слышали от него даже упоминания, что он когда-то был зажиточным торговцем. На этом завершилось «участие» Шарля Фурье в событиях лионской контрреволюции.
Освободившись из безансонской тюрьмы, Фурье не смог никуда выехать. 10 июня 1794 года он был зачислен в действующую армию и стал служить рядовым в 8-м полку конных егерей.
Еще осенью 1793 года, когда Франция переживала трудные времена, энергичными мерами якобинского правительства армия была превращена в грозную боевую силу.
23 августа по предложению Комитета общественного спасения Конвент принял декрет о массовом призыве в армию. Статья 1 декрета гласила: «С настоящего момента и до тех пор, пока враги не будут изгнаны за пределы республики, все французы объявляются в состоянии постоянной реквизиции». На поле битвы призывалась молодежь, женатым поручалось изготовление оборонительных сооружений, перевоз снабжения и продовольствия. Женщины шили палатки, обмундирование, обслуживали госпитали. Даже старики были в рядах борцов, чтобы возбуждать мужество, разжигать ненависть к королям и проповедовать единство республики. Дома превращались в казармы, общественные места и клубы — в оружейные мастерские.