Так как уровень небоевых потерь был весьма высок, самолеты приходилось часто ремонтировать. В результате заметную долю производства пришлось переориентировать на выпуск запчастей. Прежде всего, нужно было поднять производство двигателей Argus As 10. и в 1940 году выпуск этих двигателей развернули в Чехословакии. До конца года было выпущено 10026 двигателей, хотя большинство из них на берлинском предприятии компании Argus Motoren Gesellschaft. Заводы Avia собрали сто десять моторов, а заводы Walter – еще сто. Но уже на следующий год оба филиала в общей сложности получили заказ на 2140 двигателей!
Выпуск запасных частей для «Шторьха» решили также развернуть на предприятиях Morane Sulnier в Путо под Парижем. Но вскоре здесь вместо запчастей решили собирать самолеты. Первый французский «Шторьх» покинул сборочный цех в апреле 1942 года, а до конца года здесь собрали 121 самолет.
«Шторьхи» широко применялись на территориях, оккупированных Рейхом. В Югославии их использовали для поиска стоянок партизан Тито. Там, где в воздухе патрулировали «Шторьхи», партизаны не могли предпринимать никаких действий в светлое время суток, чтобы это не было обнаружено с воздуха. Обнаружив цель, Fi-156 по радиосвязи наводил наземные войска на цель. «Шторьхи» забрасывали партизан листовками, а часто и ручными гранатами или легкими бомбами. В результате югославские партизаны «Шторьхов» боялись больше, чем бомбардировщиков.
С не меньшим успехом «Шторьхи» участвовали в антипартизанских операциях в Греции, Албании, Польши и СССР. Разведку обычно вели на небольших высотах, при этом самолеты часто попадали под огонь партизанских пулеметов. В сентябре 1943 года один «Шторьх» был сбит в районе Свентокшиских гор аковцами из отряда «Понурого». По одному Fi-156 сбили бойцы из 15-го пехотного полка АК и 27-й дивизии АК. Немцы применяли «Шторьхи» для разведки и в ходе Варшавского восстания.