Но прежде чем появились тропические «Шторьхи», обычные серийные машины участвовали в операции «Merkur», то есть высадке десанта на Крите. Еще раньше «Шторьхи» применили при захвате Коринфского канала.
В 1941 году для «Шторьха» разработали… полугусеничное шасси. На стойках главного шасси установили колесные тележки из двух колес, соединенных резиновой лентой с металлическими накладками. Такое шасси использовали на многоцелевом транспортном самолете Fi-ЗЗЗ, а также на некоторых Fi-156Е-0. В рамках эксперимента появился и Fi-156F-1, предназначенный для полиции («Полицай-Шторьх»). Конструкция полицейской машины представляла собой гибрид планера С-3 с двигателем Argus As 10Р-1. На линзовом лафете самолет нес пару MG 15, установленных в задней части кабины и стрелявших вбок. Радиостанция FuG 21А и «установка 901F» (по-видимому, усилитель для внешнего громкоговорителя) крепились на уровне кресла пилота, который при этом выполнял дополнительные обязанности радиста. Запас топлива ограничили ста литрами, которые вмещал бензобак в правом крыле.
Боевые действия на Восточном фронте и в Северной Африке также проходили при активном участии «Шторьхов». Кроме традиционной функции курьерской связи, доставки снабжения и эвакуации раненных, в задачу «Шторьхов» теперь входил поиск и эвакуация пилотов, сбитых над территорией противника и в пустыне. В Северной Африке действовало по меньшей мере два отряда спасательной авиации. Многие немецкие летчики обязаны своим спасением пилотам Wuestennotstaffel 1 и командиру звена капитану Хайнцу Крозебергу. Крозеберг чаще всего летал на «Шторьхе» Fi-156C- 3/Trop (SF+RL). За свои подвиги капитан получил прозвище Абу-Маркуб, то есть «Отец аиста». В мае 1942 года его представили к Рыцарскому кресту.
Одной из крупнейших операций по эвакуации раненых стала операция в районе Демянска в январе-апреле 1942 года. Ни один другой самолет не имел шансов сесть на крохотные площадки, какие удавалось подготовить в условиях постоянного обстрела и плохой погоды.