Пилоты постоянно отмечали отличный обзор из кабины Fi-156 и великолепные взлетно-посадочные характеристики, позволявшие ему взлетать и садиться где угодно. Но именно из-за этих качеств самолета случались и крупные неприятности. 12 сентября 1941 года генерал-полковник Ойген Риттер фон Шоберт вылетел на «Шторьхе» (W.Nr. 5287) инспектировать передовые части 11-й армии, входившей в состав группы армий «Юг». Пилотировал самолет капитан Вильгельм Зувеляк, командир Kurierstaffel 7. Подлетев к цели, капитан решил садиться на небольшую площадку на околице села Дмитриевка, показавшуюся ему удобной. Как оказалось, удобная площадка представляла собой советское минное поле. Взрывами мин самолет разнесло на куски вместе с находившимися в нем офицерами.
Любимым развлечением немецких летчиков стала охота на птиц со «Шторьха». Пилот самолета вооружался обычной охотничьей двустволкой, которую выставляли через форточки в боковых стеклах кабины.
Особенно удачливым охотником оказался командир IV./JG 54 Рудольф Зиннер, воевавший в Ливии и на Восточном фронте.
С начала войны потери среди «Шторьхов» неуклонно росли. Причем основные потери среди «Шторьхов» носили небоевой характер. Летчики, привыкшие к тому, что Fi-156 прощает ошибки, пилотировали самолет крайне небрежно. Особенно много аварий и катастроф происходило при посадке. Часто можно было видеть, как «Шторьх» с задранным носом буквально падал вертикально, держатсь воздухе на одних закрылках и элеронах. Перед касанием следовало немного прибавить газу, но многие пилоты игнорировали это правило и сажали самолет почти вертикально. Часто такой маневр приводил к поломкам шасси и пропеллера, а то и к вырванному из моторамы двигателю. На удивление мало аварий приводило к гибели летчиков, хотя кабина не имела антикапотажных дуг. После войны в Великобританию для испытаний перегнали один из «Шторьхов». В его эксплуатационной книжке толстым карандашом было написано: Auch der Storch is nich narrensicher! «Даже у «Шторьха» есть границы дуракоустойчивости!».