Рассматривая движение как неотъемлемое свойство природы, Феофан утверждает, что «ни одна субстанция не является бездеятельной» (там же, 197 л.) и что природа «никогда не пребывает в покое» (там же, 77 об.). Особенно важно то, что универсальность движения он связывает с идеей изменчивости. Эта последняя, распространяясь на все более широкую предметную область, способствовала формированию представления о развитии природы. Оно глубоко противоречило закрепленному схоластикой библейскому утверждению о неизменности всего созданного богом. Философия и естествознание XVII в. еще не доводят признание универсальности движения до идеи развития, идея эта начинает утверждаться лишь в XVIII в. У Прокоповича также нет понятия развития, однако некоторые моменты его натурфилософии подтверждают, что он подходит к пониманию содержания, вкладываемого в это понятие. Так, Прокопович говорит, что природа и каждая отдельная вещь движутся от простого к сложному, что движение поступательно и связано с достижением вещью определенной завершенности. Он вводит понятие становления, под которым понимает формирование, соединение материи с формой. Хотя эти мысли еще отрывочны, односторонни, иногда облечены в телеологическую форму, тем не менее они были историческими ступенями утверждения идеи развития. К ней подводили и выдвигаемые в его философском курсе положения об изменении звездного неба, материков и островов, гор и равнин — положения, которые подрывали средневековое метафизическое представление о неизменяемости небесных сфер.
Полемизируя против закрепленного схоластикой аристотелевского тезиса о неизменности неба, в котором созданные богом планеты и звезды движутся по неизменным круговым орбитам, Прокопович использует данные современной ему науки для доказательства противоположной точки зрения. «Мы утверждаем, — пишет он, — что небеса также подвержены изменениям, это достаточно ясно увидели и другим доказали выдающиеся астрономы, а именно на основании появления и исчезновения некоторых звезд… а также на основании наблюдения за солнечным телом, на котором, как многие заметили, возникают какие-то пятна» (61, 167 л.). Здесь содержится намек на работы Галилея «Разведка о плавающих телах» (1612) и «Сообщения и размышления относительно солнечных пятен и их свойств, изложенные в трех письмах, адресованных Марку Вельзеру» (1613), в которых сообщалось об открытии солнечных пятен. Подобное описание этих пятен и их движения по солнечному диску со ссылкой на работы Галилея приводится Прокоповичем в его «Натурфилософии». Открытие солнечных пятен свидетельствовало о наличии изменений на самом небе. Этот вывод, резко противоречащий учению перипатетиков, Прокопович подтверждает данными наблюдений над движением планет, в частности открытием Галилеем фаз Венеры, которая, как и Луна, с течением времени меняет свой вид — от круглого диска до узкого серпа.
Интересны мысли Прокоповича об изменениях земной поверхности, которые совершаются, по его мнению, в результате действия естественных сил, а не божьего вмешательства. Они также подводили его слушателей к идее всеобщей изменчивости природы и ее развития. «С течением времени, — говорит Прокопович, — возникло множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определенным способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние слои земли и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных» (61, 193 л.). Противоречили библейскому утверждению о неизменности созданной богом природы и рассуждения мыслителя о том, что реки меняют свои русла, а морские берега — свои очертания, что под действием силы вод и геологических сдвигов образуются новые острова, меняется конфигурация материков. «Пишут и о Сицилии, — замечает Прокопович, — что она была соединена с Италией, но не так давно отделилась от материка, а потом вследствие обмывания морем стала еще более отдаленной» (там же, 173 об.).
Прокопович не сводит движение лишь к пространственному перемещению. Вслед за Аристотелем он понимает движение как все изменения, происходящие в природе. «Название движения и даже покоя принимается тут широко, — говорит он в своем курсе „Натурфилософии“, — как обозначающее все физические изменения». «Многие тела, — продолжает он, — действуют без локального движения, как, например, то, что магнит притягивает железо» (61, 78 л.). Вероятно, Прокоповичу была известна работа сторонника Коперника Гильберта «О магните, магнитных телах и большом магните — Земле», вышедшая в Англии в 1600 г.