Вслед за этим первым шагом, обусловленным деизмом, Прокопович делает попытки объяснить движение не на основе концепции перводвигателя, а исходя из самой природы. «Из того, что мы сказали о причинах, вытекает, что они не только существуют в вещах, но и находятся внутри материальной природы подобно источникам и поэтому являются ее принципами» (там же, 82 л.). Подходя с разных сторон к признанию самодвижения природы, он вслед за своими предшественниками восстанавливает материалистические идеи учения Аристотеля о движении. «Природа, — пишет Прокопович, опираясь на Аристотеля, — есть принцип и причина движения и покоя, т. е. если вещи движутся, их движение обусловливается природой, и если пребывают в покое, их покой не что иное обусловливает, а снова-таки природа. И поэтому движутся ли тела или покоятся, они по своей природе либо движутся, либо пребывают в покое» (там же, 78 л.). К середине XVIII столетия эта идея будет доведена до прямого отрицания первотолчка.
Выдвигая мысль о том, что тела движутся на основании собственной природы, Прокопович, опираясь на Аристотеля, тут же от него отходит. Для Феофана и движение и покой тел являются их естественным состоянием, вытекающим из природы каждого из них. Для Аристотеля таким состоянием является только покой, движение вызывается внешней силой. Еще более наглядно его отличие от Аристотеля выступает при рассмотрении движения небес. Он вполне четко ставит вопрос: какова причина движения небес — внешняя по отношению к ним или внутренняя? «Аристотель и почти все перипатетики, идущие за ним, — отмечает Феофан, — говорят, что небо движут разумные существа или духи, специально предназначенные для выполнения этой обязанности богом. То же признает, как убеждаемся, и Священное писание в книге шестой („под чем сгибаются те, что несут небо“). Некоторые хотят, чтобы это было сказано об ангелах. Однако я считаю более достоверной противоположную мысль, а именно что небо, если движется, движется само собой» (61, 169 об.).
Отрицая мысль об одухотворенности небес как «смешную и абсурдную», Прокопович в то же время понимает, что античные мыслители прибегали к одухотворению небес как модификации идеи бога-перводвигателя, потому что не могли на основе современной им науки объяснить действительных причин движения: «Из-за того, что не могли они [еще] исследовать, отчего движутся сами небеса… пришли к той мысли, чтоб одухотворенными небеса назвать. Но мы, как и все здравомыслящие, не можем утверждать то же самое» (61, 168 л.).
Говоря о подходах Прокоповича к пониманию самодвижения природы, нельзя, наконец, не упомянуть о его размышлениях по поводу живых тел. Именно в них, по его мнению, способность к самодвижению проявляется с наибольшей силой. «Двигать себя и быть главной причиной своего движения является характерным признаком живого» (там же, 142 л.). «Различие между живыми и неживыми… — говорит он, — состоит в том, что первые имеют основную причину своего движения внутри себя» (там же, 144 об.). Вполне понятно, что уровень понимания самодвижения живой природы во времена Прокоповича весьма отличался от современного.
В конце XVII в. Антони Левенгук открыл микроорганизмы, он установил, что в растительных настоях, например сена, микроорганизмы размножаются с поразительной быстротой. Но откуда они там берутся? Этот вопрос интересовал всех — и Королевское общество в Лондоне, и Парижскую академию наук. К его решению были предложены два ответа. Одни ученые (Пуше, Жоли, Мюссе) думали, что микроорганизмы зарождаются в самом настое из частичек его материи, это учение было названо впоследствии теорией произвольного самозарождения. Другие предполагали, что в воздухе носится масса семян и яичек, которыми извечно засеяно мировое пространство. Попадая из воздуха в настой, они развиваются. Эта теория была названа теорией панспермии. Обе теории, особенно теория самозарождения простейших организмов, противоречили идее создания мира богом и существования все одухотворяющей мировой души.
Разделяя теорию самозарождения, Прокопович, как и многие другие сторонники ее в конце XVII — начале XVIII в., вовсе не считал, что самозарождаться могут сложные организмы, животные и человек.