Взгляды Прокоповича выражали оппозицию томизму в понимании основания индивидуации (principium individuationis). Еще Аристотель утверждал, что форма — это то, что в вещах является общим, видовым, а материя — все то, что в них специфично, случайно, несущественно. Благодаря форме или сущности материя специфицируется, индивидуализируется, становится той или иной вещью. Хотя Аквинат и повторяет аристотелевский тезис о материи как об основании индивидуализации, он подвергает гилеморфизм Стагирита телеологизации. Ведь формы у него существуют не только в вещах и в отраженном виде в уме человека, но и до вещей, ante res, в уме творца как экземпляры, служащие моделью творения. В вещах они являются не совокупностью общих естественных признаков вещей, но их божественным идеальным компонентом. Прокопович пытается вернуться к пониманию формы как естественного, природного компонента тела, не несущего в себе ничего божественного или сверхъестественного. В этом форма не знает никакого преимущества перед материей. Последней, в его понимании, гораздо больше подходит название сущности, чем форме. Ибо тем общим, в чем едины все природные тела, что повторяется в каждом из них, у него выступает не форма, а материя. Материя подвергается спецификации, является тем, что специфицируется, а форма — тем, что придает материи специфику. «Это легко доказывается так, — говорит Феофан. — Разнообразные телесные субстанции, принадлежащие к различным видам, отличаются между собой природным способом. Ибо кто может сказать, что лев от осла, или вол от рыбы, или рыба от латука отличается очень мало. Материей, как мы видели, они не отличаются, следовательно, чем-то другим. Именно это я и называю формой» (61, 70 об.). Вместе с тем материя у Прокоповича не остается только пассивным основанием, субъектом, преемлющим спецификацию. Она «не бездеятельна», не мертва, но исполнена внутренних усилий, желаний, порывов навстречу форме. Поэтому в акте спецификации материя принимает активное участие. Для Прокоповича материя является основанием единства тел, а основанием их различия — форма.
Наиболее сильные стороны в учении Прокоповича о материи связаны с развитием современного ему естествознания. К ним нужно отнести: 1) признание мыслителем единства и однородности материи во всех природных телах; 2) его утверждение о том, что материя не возникает и не уничтожается, а остается количественно неизменной при всех ее превращениях.
Материя понималась в киевской академии как обладающая многообразными определениями. К числу этих определений относится и то, что материя является субстратом, тем, из чего состоят все физические тела. Этот субстрат, по мнению Прокоповича, одинаков во всех телах. «Всем вещам, — пишет он, — присуща та же самая материя» (61, 71 об.). «Материя общая и одинаковая во всех телах, хотя формы и различны» (124, 204 л.). Он подчеркивает единство материи не только во всех телах неживой природы, но и во всех телах живой природы. |«Нет необходимости, — заявляет Феофан, — считать материю льва отличной от материи камня на том основании, что тот живет, а этот нет» (там же, 167 об.). Это относится и к самому человеку. «Хотя человек более знаменит, чем само небо, однако и он из той же, что все прочее, материи состоит» (там же, 166 об.). Возрождение этих взглядов античных мыслителей роднит Прокоповича с Бернардино Телезио, Николаем Кузанским, Джордано Бруно, Галилео Галилеем, пришедшими к выводу о физической однородности материи в мире.
Материя, по мнению Прокоповича, выступает основанием единства природных тел не только тогда, когда она рассматривается как их субстрат, но и тогда, когда она рассматривается как субъект всех изменений. Под субъектом в данном случае понимается то, что подвергается изменениям, переходит от одного изменяющегося тела к другому.
Рассматривая материю как общий субъект всех изменений, Прокопович высказывает глубоко диалектическую мысль о «взаимном переходе подлунных тел». Уже пример, которым она иллюстрируется, содержит в себе догадку о круговороте веществ в природе: из земли возникает растение, из растения плод, из плода пища, из пищи тело человека, из тела человека труп, из трупа червяк, из червяка земля. Эта догадка была высказана еще античными авторами и доказана естествознанием XIX в., но то, что из обширного наследия прошлого она отбирается Прокоповичем (как, впрочем, и другими профессорами киевской академии, она повторяется почти в каждом курсе), свидетельствует об определенной философской направленности его взглядов. Ведь каждый мыслитель выбирает из анналов истории философии прежде всего то, что так или иначе близко его воззрениям, перекликается с ними, подтверждает и обосновывает их.