Судоплатов пытался спасти своего друга и соратника, пользуясь любой возможностью. Однако решить этот вопрос мог только Сталин. В феврале 1953 года Судоплатов был вызван в Кремль на совещание к Сталину и намеревался воспользоваться этим. Но в ходе беседы Сталин напомнил Судоплатову о провале, который имел место при проведении одной из операций за границей в период Великой Отечественной войны, после чего Судоплатов понял, что об Эйтингоне в этой ситуации лучше не напоминать.
Из тюрьмы Наум Эйтингон вышел только после смерти Сталина — 20 марта 1953 года. По распоряжению Берии он был восстановлен в органах государственной безопасности и в партии, ему возвратили все правительственные награды.
Дети Наума Исааковича Муза Малиновская и Леонид Эйтингон в книге «На предельной высоте», посвященной воспоминаниям о своих знаменитых родителях, касаясь этого периода, рассказывают:
«После смерти Сталина, став главой расширенного министерства внутренних дел, Берия распорядился прекратить дела обвиняемых в «сионистском заговоре» и «участии в планах захвата власти Абакумовым».
Когда Эйтингона в очередной раз вызвали на допрос к следователю, он, к своему удивлению, увидел на месте следователя двух генералов: Кобулова и Гоглидзе. Так как Кобулов был уволен из органов несколько лет назад, его присутствие здесь, да еще в генеральском мундире, очень о многом сказало Эйтингону. Он понял, что в стране произошли перемены и что Берия, скорее всего, стал руководителем секретной службы страны.
И все же вопрос, который был ему задан, немало его удивил. Он ждал только худшего, а его спросили, будет ли он служить в органах и дальше, как только его выпустят из тюрьмы. Хотя Эйтингона мучила язва желудка, обострившаяся в тюрьме, от службы он никогда не отказывался. Он твердо сказал, что готов служить Родине.
Тогда разговор перешел в другое русло. Ему сообщили, что Сталин умер и Берия теперь назначен главой нового министерства внутренних дел, в которое влилось и министерство госбезопасности. Теперь за всю контрразведку в стране отвечал Кобулов. Он обещал Эйтингону, что тот уже через несколько дней будет на свободе: нужно было выполнить кое-какие формальности. Но все обвинения с Эйтингона были уже сняты».
Позже отец рассказывал детям, что, пока шла эта беседа, он не мог отделаться от мысли, что все это — игра, западня, какая-то ловушка. Злоключения последнего времени заставили его другими глазами смотреть на всё и на всех. И только когда Кобулов одернул конвоира, который прикрикнул на Эйтингона, и сказал ему, чтобы тот обращался с ним уважительно, как с генерал-майором госбезопасности, не находящимся под следствием, успокоился. Он понял, что все происходящее — не спектакль, а реальность, и что он действительно вскоре будет на свободе…
22 мая вернулась домой Софья Эйтингон. Нелепые обвинения Рюмина и его подручных рухнули окончательно. Когда Судоплатов доложил Берии о ее деле, тот приказал своему заместителю Круглову немедленно ее освободить. Спустя полчаса в Верховный суд страны было отправлено письмо, в котором МВД просило аннулировать приговор, а дело — закрыть.
Казалось, справедливость восторжествовала. Но это была только видимость…
30 мая 1953 года был образован 9-й (разведывательно-диверсионный) отдел МВД СССР во главе с генерал-лейтенантом Судоплатовым. Генерал-майор Эйтингон становится его заместителем.
Однако просуществовал этот отдел недолго. Практически сразу после ареста Берии он был упразднен. В июле 1953 года Эйтингон был уволен в отставку. А в августе его и Судоплатова арестовали.
В июне 1953 года был арестован руководитель Министерства внутренних дел СССР Л. П. Берия. Он был обвинен в шпионаже в пользу западных держав, попытке ликвидации Советского государства и установления власти буржуазии. Вслед за ним были арестованы и вскоре расстреляны несколько других высших чинов НКГБ — МГБ — МВД СССР: генерал-полковник Богдан Кобулов и его брат генерал-лейтенант Амаяк Кобулов; начальник следственной части по особо важным делам генерал-лейтенант Лев Влодзимирский; заместитель министра внутренних дел генерал-полковник Сергей Гоглидзе; бывший начальник внешней разведки и бывший посол СССР в Германии генерал-лейтенант Владимир Деканозов.
Вскоре по «делу Берии» были арестованы Павел Судоплатов и Наум Эйтингон, а также ряд других ответственных сотрудников МВД СССР.
Позже Муза Малиновская вспоминала рассказ отца:
«Судоплатова арестовали на работе. Что же касается Эйтингона, его забрали из дома — ведь он был уже «отставник». Генерал сидел на кухне и пил чай. Когда раздался звонок в дверь, он сразу понял, что пришли его арестовывать. Он сказал пришедшим: «Оружие под подушкой», встал, оделся и вышел. Эйтингон хотел, чтобы в его деле фигурировало, что он добровольно сдал оружие и не оказал никакого сопротивления при аресте. Как и генерал Судоплатов, он был доставлен в Бутырскую тюрьму.