Обратившийся из маздеизма, а затем учившийся в Нисибисе, Map Аба имел любознательный и хорошо образованный ум. Он путешествовал по римским территориям и изучил греческий язык в Эдессе. В Александрии он встречался с Космой Индикопловом, знаменитым путешественником, который, несмотря на свою приверженность монофизитству, выражал Map Абе свое восхищение. Последний посещал также египетские монастыри, а позже ездил в Константинополь, где прожил не менее года и приобрел друзей. Царствование Юстина I (518—527) и первые годы царствования Юстиниана были отмечены антимоно–физитской реакцией. Персов–несториан, по–видимому, охотно принимали на высокие посты, например, Павлу Персу было поручено вести спор с манихеем Фотином. Экзегетические методы Павла, воспринятые им от Феодора Мопсуестийского, оставались излюбленными и в последующие века. Путешествия Map Абы в Александрию и Константинополь демонстрируют постоянное влияние сирийских христиан в византийском мире независимо от их вероучительной принадлежности. По возвращении в Персию он в течение некоторого времени преподавал в Нисибисе, а затем в 540г. был избран католикосом. Он стал одним из самых выдающихся руководителей Персидской церкви. Своей деятельностью он восстановил дисциплину в белом духовенстве и единство среди епископов, нарушенное хаотичной деятельностью Варсаумы. Арестованный в 541г., когда выяснилось, что он обратился из маздеизма (подобные обращения рассматривались персидскими властями как уголовное преступление), он был спасен от казни только благодаря своей исключительной популярности среди христиан. Представ лично перед царем Хосроем, он сумел не только получить прощение, но и помочь царю пресечь восстание, в котором принимали участие многие христиане. Он умер в 552г., добившись значительного усиления Персидской церкви.
Существуют свидетельства, что Юстиниан, восстановив в 561 г. мирный договор с Персией, добился условий, защищающих права христиан. В надежде воссоединить несторианский католикосат и православие, он принял делегацию богословов во главе с низибийским епископом Павлом[582]. Переговоры успеха не имели. В 585г. католикос Ишоябх (567–585) председательствовал на еще одном соборе в Селевкии, на котором обозначилось дальнейшее и окончательное отчуждение от Византии. В качестве реакции на деятельность яковитов в Персии собор опубликовал тридцать один канон, выражающий окончательную вероучительную позицию Персидской церкви. Он не только подтвердил «антиохийскую» христологию, но, прямо выступая против осуждения в Византии «Трех Глав», заявил, что «всякому запрещается тайно ли, принародно ли критиковать Учителя Церкви (то есть Феодора Мопсуестийского), отвергать его святые писания или принимать другие истолкования Писаний…» (канон 3)[583]. Персидские соборы этого периода не упоминают лично Нестория; канонизируя Феодора, церковь определила себя как «мопсуестийскую», а не как «несторианскую», что, несомненно, является более точным определением ее основной христологической позиции с точки зрения богословского содержания. После же Пятого собора (553), формально осудившего Феодора, Персидская церковь оказалась уже в прямом конфликте с византийским православием.
Несмотря на изоляцию и трудные условия своего выживания, Персидская церковь была исключительно богата богословами. Экзегетическую традицию Феодора Мопсуестийского продолжила и развила целая плеяда писателей. Их комментарии как Ветхого, так и Нового Завета в большинстве своем известны только по заглавиям[584], однако многие рукописные сокровища на сирийском языке все еще остаются неизученными. Учение о Воплощении, которое оказалось центром всех тогдашних христианских разделений, было подвергнуто новой богословской проверке. Один из богословов по имени Хенана, знаменитый учитель нисибийской школы, по–видимому, протестовал против исключительности авторитета Феодора Мопсуестийского, предпочитая толкования святого Иоанна Златоуста. Его идеи, очевидно, закрытые для халкидонского православия, подверглись критике со стороны несторианского богослова Бабаи Великого (569—628), игумена Горы Изала близ Нисибиса, одного из лидеров значительного возрождения монашеств, последовавшего за католикосатом Map Абы. На соборе 612г. Церковь подтвердила взгляды Бабаи, «Книга Единения» которого (то есть единения Божества и человечества во Христе) стала стандартом исповедания несторианства в Персии: у Христа было не только две природы, но и две ипостаси[585].
После неудачных попыток императора Ираклия восстановить христианское единство на Востоке, последовавших за его победой над Хосроем II (см. ниже), мусульманское завоевание на века приговорило все христианские общины к изоляции.