Поразительный договор между Византией и Персией, заключенный в 591г. императором Маврикием благодаря его поддержке Хосроя II и дружбе с ним, давал Римской империи контроль над большей частью Армении. Границей служила река Азат. Резиденция католикоса, Двин, оставалась на персидской стороне, но как раз на границе с Византией. Приглашенный к участию в соборе с целью объединения, католикос Моисей II ответил знаменитым отказом: «Я не пересеку реку Азат, чтобы есть печеный хлеб греков, и не стану пить их горячую воду»[571]. Однако большинство армянских епископов, живших на византийской стороне, собрались в Феодосиополе (Эрзеруме) в 593 г. и избрали нового католикоса–халкидонита Иоанна III Багаранци, который проживал в Аванс, по другую сторону реки, напротив Двина, пока не был арестован и сослан персами в 611 г. Формальное принятие Халкидонского собора грузинским мцхетским католикосом Кирионом (600—601), бывшим секретарем Моисея II, а также трудности, с которыми столкнулись армяне–антихалкидониты при избрании преемника Моисею даже в занятых персами областях, вероятно, показывают, что при Маврикии существовала реальная возможность полного восстановления халкидонской веры в Армении и на всем Кавказе.
Но так же, как в Египте, персидское завоевание прервало все усилия по соединению вплоть до новой и значительной попытки, предпринятой Ираклием после победы его над Хосроем II.
Поскольку Персия служила убежищем для всех инакомыслящих Римской империи, а сирийскоязычные христианские общины всегда существовали по обе стороны границы, неизбежным было проникновение в Персию и всего разнообразия толков, существовавших среди сирийцев, включая яковитов и несториан. Есть сведения о том, что в 497г., при несторианском католикосе Бабае, имели место христологические споры, и два епископа, Папа Беит–Лапатский и Яздад Рев–Ардаширский, воспротивились господствующей антиохийской (то есть несторианской) установке и отказались участвовать в Селевкийско–Ктесифонском соборе[572]. Другие источники говорят о деятельности Симеона, епископа Беит–Аршамского, известного как Персидский Софист, который путешествовал по всей Персии, борясь с несторианством[573]. Симеон был одним из тех сирийцев, которые в 506г. пришли в Двин в поисках защиты со стороны армянского католикоса Бабгена и спровоцировали торжественное заявление Армянской церкви, в котором она выступала против несторианства и подтверждала кириллово исповедание, созвучное «Энотикону»[574].
Автор «Жития» Иоанна из Теллы сообщает, что около 536г., несмотря на поддержку, получаемую от армян, «истинная вера», то есть монофизитство, почти угасла в Персии[575]. Тогда с одобрения Севира Иоанн рукоположил монофизитских епископов для Персии. Тайная деятельность Якова Бар–Аддаи и его последователей еще усилила монофизитские общины в Персии. В 559г. Яков хиротонисал Абудемнеха епископом Тагритским. Миссионерская деятельность последнего включила в себя крещение одного из сыновей царя Хосроя I. Некоторые из сирийских монофизитов были последователями Юлиана Галикарнасского, и об их влиянии на Армянскую церковь было сказано выше; большинство, однако, оставалось верным севирианским антиохийским патриархам. К концу VIв. яковитский митрополит жил в монастыре Map Маттаи, в Месопотамии. В 629г. на собрании, состоявшемся в Map Маттаи, с одобрения антиохийского патриарха Афанасия Погонщика верблюдов был поставлен «великий митрополит», или «католикос», юрисдикция которого включала более двенадцати диоцезов Востока. Первым великим митрополитом был Маруфа (629—649), проживавший в Тагрифе. Авторитет и влияние великого митрополита, именовавшегося позже «мафрианом», сильно возросли с арабским завоеванием этой области. Безусловно, мусульманское господство, простираясь на бывшую византийскую Сирию, где было сильно монофизитство, дало ему возможность объединиться и разрастись. Оно также положило конец особым привилегиям, которыми при персах пользовался несторианский Селевкийско–Ктесифонский католикосат[576].
Понятно поэтому, что постоянное присутствие монофизитских общин воспринималось главами католикосата как угроза их положению в Персии, и это побуждало их вновь утверждать свою верность вероучению, которое они считали истинным православием, христологии Феодора Мопсуестийского.