Персидская церковь, укорененная в иудео–христианских традициях, принесенных непосредственно из Палестины уже во II и IIIвв.[577], постоянно бывала отрезана от римского мира войнами и политическим соперничеством между империями. Она приняла никейские определения и основы церковного строя на своем соборе в Селевкии в 410г. Город Селевкия служил резиденцией ее великому митрополиту, или католикосу. Расположенный на Тигре, в 20 милях к юго–западу от современного Багдада, столицы Ирака, он был городом–близнецом древнего Ктесифона, столицы персидского «царя царей». Постановления 410г. были формально утверждены царем, и на католикосат стали смотреть как на центр христианства в Персидской империи. Эта реорганизация, которая последовала за жестокими преследованиями христиан зороастрийцами, была с радостью встречена сирийскоязычным католикосатом как способ выживания в будущем, при персидских царях, нрав которых можно будет смягчать политической лояльностью. Чтобы показать всю исключительность этой лояльности, католикос Дадите (421—456), председательствуя на другом соборе в Маркабта (429), определил, что католикос есть «преемник Петра» и единственный глава Церкви, существующий вне всякой зависимости от «западных отцов». «Запад» включал в себя Антиохию, Александрию и Константинополь, а также Рим[578].
Эти заявления религиозной самодостаточности и политической лояльности не помешали царю Перозу в 484 г. казнить католикоса Бабовая по официальному обвинению всего лишь в переписке с византийским императором Зиноном. Знаменитый епископ Варсаума провозглашал резкое неприятие любых контактов с «Западом» и, вероятно, был—хотя бы косвенно—повинен в гибели Бабовая. При католикосе Акакии состоялись соборы в Беит–Лапат (484), Беит–Адраи (485) и Селевкии (486), направленные против позиции, господствовавшей в Церкви Римской империи, жившей в то время подрежимом «Энотикона», благоприятном для монофизитства. Некоторые из постановлений этих соборов были приняты непосредственно под влиянием Варсаумы, от других он перед своей смертью (495) отказался, считая слишком умеренными для выражения его несторианских убеждений.
Селевкийский собор (486) подтвердил строго «антиохийское» исповедание веры о соединении во Христе двух природ в едином
Как бы то ни было, Церковь пережила несколько десятилетий смуты, причины которой отчасти заключались в скандальном брачном поведении духовенства, в частности, в браках с единокровными, обычно принятыми в зороастризме. Порядок был восстановлен с избранием в 540г. католикоса Map Абы.