Если верить «Сёку Нихонги» и «Нихон рёки», гонения на ямабуси начались уже в конце VII века. Начиная с 718 года власти поставили горных отшельников вне закона, объявив на них настоящую охоту. Был издан ряд высочайших указов о том, что за сведения о лидерах движения выплачивается вознаграждение. В указах 718-го и 729 годов запрещалось строить скиты в горах, заниматься проповедью закона Будды в лесных и горных местностях.
Во время правления императрицы Кокэн, когда реальная власть оказалась в руках министра Докё, представлявшего официальный буддизм, он сделал все, чтобы воспрепятствовать проникновению в страну «буддийской ереси»: под его руководством был проведен крестовый поход против сторонников сюгэндо. Докё издал указ, запрещавший изучение «Пути овладения сверхъестественными силами». В период возвышения Докё особенно усилились гонения на горных воителей – ямабуси. Когда в 765 году специально для него был создан пост монаха-министра, в результате чего Докё фактически узурпировал власть в стране, именно по его приказу вооруженные отряды охотились на ямабуси, арестовывали их и разоряли горные скиты.
Однако преследование сюгэндзя дало совершенно противоположный результат. Вместо того чтобы отвернуться от сюгэндзя, народ стал поддерживать движение ямабуси.
Рады горных общин ширились и крепли, в горах строились новые тайные молельни, где проводились мистические церемонии: совместные медитации, чтение проповедей, ритуальные шествия в места обитания ками, возжигание костров, практика мудр, повторение магических заклинаний дзюмон.
К этому времени из рядов ямабуси выделилось особое сословие монахов-воинов –
Некоторые историки полагают, что большое значение для совершенствования воинского искусства горных отшельников имел также тот факт, что после разгрома мятежа Фудзивара Осикацу, направленного против Докё, уцелевшие сторонники казненного Фудзивара примкнули к общинам сюгэндо. Среди них было немало первоклассных профессиональных воинов, которые скрывались в скитах ямабуси и передали им немало секретов военного дела. Они внесли огромный вклад в развитие воинского искусства сохэй. В результате в общинах сюгэндзя сформировалось тайное воинское искусство, использовавшее методы партизанской войны и маскировки. Современные историки называют это искусство «ямабуси-хэйхо» – «стратегия ямабуси». И многие считают, что именно оно в дальнейшем и послужило основой ниндзюцу.
Сторонники этой теории полагают, что именно дружины сохэй и стали той почвой, на которой впоследствии проросли ростки ниндзютсу и выросли смертоносные ниндзя. В дальнейшем отрады воинов-отшельников сохэй превращаются в школы ниндзютсу рю, которые становятся семейными кланами. С течением времени кланы начинают обособляться, закрепляя за собой территории, зоны влияния. Например, провинция Ига была известна как область влияния клана Хаттори, члены которого изучали тайные искусства аскетов-сеннин, горных воинов-ямабуси, а затем и сюгэндзя. Именно клан Хаттори стал основой могущественной школы ниндзютсу Ига-рю. Так можно ли считать, что именно Докё мы обязаны возникновением ниндзя, если считается, что именно преследования Докё привели
к «военизации» ямабуси, которые в целях самообороны стали овладевать боевыми искусствами?
Однако при внимательном знакомстве с историей сю-гэндо вскрываются многие слабые места этой гипотезы. Так, преследования ямабуси продолжались очень недолгое, по историческим меркам, время. Практически сразу после смещения Докё в 770 году почти все ограничения деятельности ямабуси были сняты. Правительство потерпело поражение в борьбе против сюгэндо. Причем к движению горных отшельников примкнули даже некоторые представители аристократии и высшего буддийского духовенства. Примирение сюгэндо и центральной власти нашло свое отражение и в «Нихон рёки». Там рассказывалось, что Эн-но Гёдзя «смог приблизиться к императору».