Настоящая война развернулась вокруг вопроса о замужестве леди Арабеллы. Претендентами на ее руку выступали знатнейшие и могущественнейшие вельможи Европы. Несколько иностранных принцев сватались за нее, но она отвечала отказом. Возможно, она не хотела выходить замуж за человека, которого не знает и планы которого не могла предугадать, ей не хотелось быть пешкой в чужой игре. Елизавета I к тому же превратила брак Арабеллы в орудие решения внешнеполитических проблем Англии, одновременно поддерживая в ней веру в реальность возможности унаследовать трон. Католические фракции, стремясь к возвращению Англии в лоно римской церкви, мечтали о союзе Арабеллы с подходящим католиком.
Но все переговоры о браке Арабеллы ни к чему не привели. Кроме того, леди Стюарт стала центром большого числа католических заговоров, что привело к десятилетнему ее изгнанию (с 1592-го по 1602 год), в течение которого она пребывала фактически под домашним арестом в поместьях своей бабушки. Длительная изоляция в провинции привела к тому, что об Арабелле забыли. Предложения о замужестве перестали поступать. Даже католики на континенте уже не поддерживали леди Арабеллу, так как окончательно убедились в ее верности протестантизму. Родня Арабеллы уже не строила амбициозных планов и старалась хоть как-то улучшить ее положение демонстрацией своей полной лояльности королевской власти.
Арабелла, казалось, не противилась своему заточению и смирилась с положением изгнанницы. Она занималась совершенствованием своего образования, изучала новые языки (древнегреческий, древнееврейский и испанский) и никак не пыталась изменить свою судьбу. Однако было бы по меньшей мере странно, если бы человек, с малых лет готовившийся носить на голове корону, согласился на безвестное прозябание в провинции, даже не поборовшись если не за престол, то хотя бы за свою свободу.
В момент, когда все от нее отвернулись, Арабелла Стюарт впервые решила действовать самостоятельно и даже попыталась предъявить свои права на английскую корону.
Она решила заключить брак самостоятельно, и ее выбор пал на одного из родовитейших аристократов страны. Это был молодой Эдвард Сеймур, сын лорда Бьючемпа и потомок младшей сестры Генриха VIII Марии. Однако родственники предполагаемого жениха испугались последствий подобной авантюры и оповестили обо всем королеву. План Арабеллы таким образом потерпел неудачу, но это событие стало поворотным моментом в ее жизни.
Леди Арабелла Стюарт отныне перестает быть беспомощной пешкой в большой политической игре. Она больше не является ни средством достижения власти для своих родственников, ни орудием политической интриги в руках монархов. Арабелла Стюарт становится независимым персонажем, действующим от своего имени и преследующим, в первую очередь, свои цели. Российский историк Е. И. Эцина (Санкт-Петербург) в исследовании об Арабелле Стюарт пишет: «Самое неоспоримое тому свидетельство – дошедшая до нас переписка леди Арабеллы. Собрание ее писем достаточно уникально само по себе. Это единственная из сохранившихся до нашего времени столь обширная коллекция эпистолярных источников первой четверти XVII века, вышедших из-под пера женщины. А ведь до нас дошла лишь небольшая часть переписки Арабеллы Стюарт. Художественные достоинства ее писем не уступают лучшим образцам эпохи». В ее письмах обнаруживается искреннее, возвышенное сердце. В одном письме своему дяде Шрусбери она говорит о желании доказать всему миру, «что молодая дама в состоянии сохранить свою невинность и чистоту – как это ни парадоксально – даже среди тех безумств, которыми полна окружающая ее придворная жизнь». Она намекает здесь на вечные маскарады, в которых участвовала «королева со своими фрейлинами в мало что скрывающих костюмах морских нимф или нереид, к большому удовольствию зрителей». Арабелла стояла в стороне от этого водоворота развлечений. Но было ли это целомудренное сердце чуждо всякого политического тщеславия? Скорее нет, чем да. Эпистолярное наследие леди Арабеллы свидетельствует не только о ее утонченном красноречии. Перед нами вырисовывается образ волевой женщины, последовательно идущей к своей цели, с остроумной наблюдательностью, а порой даже с язвительной иронией отзывающейся об окружающих. Именно такая женщина могла стремиться к вершинам политической власти и даже претендовать на трон. Именно такой умный, амбициозный и самостоятельный человек мог найти поддержку в обществе.
Уже своим первым неосторожным порывом к власти леди Арабелла заставила вновь обратить на себя внимание и тем самым смогла привлечь на свою сторону часть старых союзников. Смерть Елизаветы I 24 марта 1603 года и провозглашение Якова I английским королем открывали для Арабеллы новые возможности для усиления политического влияния, к реализации которых она не замедлила приступить.