Помимо акцента на кооперативное прохождение, в «Библии» было еще одно существенное отличие от финальной версии: запутанный сюжет, разделенный на эпизоды. Скелет этой истории фактически попал в выпущенную игру, пусть его и размазали по DOOM и DOOM II, но оригинальная история Холла включала в себя множество сражений, связанных с вратами в другие измерения. Первоначальный конфликт оставался таким же, а в конце первого эпизода игрок все так же проходил через ворота и сражался в аду, чтобы затем вернуться. На этом DOOM заканчивается, но история из «Библии DOOM» только начинается. В ней игрок возвращается, чтобы найти другую базу, захватывает ее и отбивает демоническую атаку. Третий эпизод кончается бомбардировкой всего спутника и уничтожением пространственных врат. Затем действие переносится на другой спутник; в эпизодах 4 и 5 описывается нападение на него и попытка вернуть украденное оружие (с обязательным посещением ада). Наконец, в 6-м эпизоде рассказывается о расположении третьих врат и необходимости уничтожить демоническую машину, способную увеличивать разрыв в пространстве, пока она не призвала подкрепление. В этот момент «Библия» становится «коммерческой игрой», в которой фигурирует вторжение демонических сил на Землю. Холл про это говорил так[34]:
Вне всякого сомнения, окончательная версия DOOM значительно упростила эту структуру, сведя ее к попытке побега с Фобоса, штурму Деймоса и мясорубке в аду – с последующим возвращением на уже захваченную Землю, о чем игрок внезапно узнает в самом конце. Катсцены, многочисленные персонажи, сложное повествование и действия, охватывающие несколько миров, исчезли. Ромеро настаивал на том, что руководствовался «Библией» скорее как инструкцией по созданию мира, нежели повествовательной структурой, и центральным ее аспектом была идея слияния научной фантастики и сверхъестественного ужаса:
Всем хорошо известно, что эта повторяющаяся тема в играх появилась благодаря посиделкам id в Dn D. Джон Кармак (разумеется, в роли мастера подземелий) создал сложный мир, в котором существовала мощная книга магии, управляющая демоническими царствами. Чтобы получить Дайкатану, столь же могущественный меч, Ромеро отдал эту книгу предводителю демонов, тем самым позволив им захватить и уничтожить мир. Вторым по значимости источником вдохновения стал фильм Джеймса Кэмерона «Чужие». Согласно Кушнеру, Джей Уилбур, в то время работавший менеджером id, изучил вопрос покупки прав на создание игры по мотивам фильма, но команда передумала: «Ребята не хотели, чтобы какая-то кинокомпания говорила им, что они могут, а что не могут добавить в свою игру». Но, как выразился Ромеро, он любил не только сеттинг «Чужих», но и «его страх и скорость». Третьим источником вдохновения стал фильм Сэма Рэйми «Зловещие мертвецы» (1981), протащивший на вечеринку черный и шокирующий юмор, а также бензопилу. Соединив эти миры и стили, Том Холл создал свою историю. И хотя он согласен с Ромеро, что «Библия» насыщает игру с точки зрения концепций и дизайнерских идей, он все же настаивает, что от персонажей и сюжетных деталей можно было и не отказываться: