«Царевич Петр» встретил Юрлова с грамотой в Самаре и двинулся дальше, говоря всем, что он едет в Москву к своему дяде царю. В Свияжске «царевич Петр» узнал о смерти Димитрия и воцарении Василия Шуйского. Теперь Петра в Москве однозначно ждала плаха, а то и кол. Поэтому «царевич» со своей ватагой повернул обратно. Обманом казаки проскочили Казань и отправились вниз по Волге-матушке, грабя встреченные суда и прибрежные городки.
17 мая 1606 г., когда заговорщики были заняты истреблением самозванца и поляков, один из убийц Федора Годунова — Михаил Молчанов — успел выбраться из дворца и покинуть Москву. В сопровождении двоих поляков Молчанов двинулся к литовской границе, распуская по дороге слухи, что он царь Димитрий, что он спасся, а вместо него заговорщики по ошибке убили другого человека.
Василий Шуйский сделал большую ошибку, разослав сподвижников Гришки Отрепьева воеводами по дальним городам. Того же князя Григория Петровича Шаховского он поставил воеводой в Путивле — щуку бросили в реку. Новый воевода немедленно объявил жителям Путивля, что царь Димитрий жив и находится в Польше. Шаховский во время переворота выкрал в Кремле государственную печать и, используя ее, рассылал грамоты по городам, поднимая народ за «царя Димитрия». И на эту роль Шаховскому сгодился бы любой другой самозванец. Он начал переписку с польскими панами, которые также искали кандидата на роль царя Димитрия.
Тут всплывает очень своеобразный деятель — Иван Исаевич Болотников, служивший когда-то боевым холопом у князя А.А. Телятевского. В Польше, в городе Самборе, Болотников встречается с Михаилом Молчановым. Последний убедил Болотникова, что Лжедмитрий I жив, и отправил с письмом от «царя Димитрия» в Путивль к Шаховскому.
Шаховский в Путивле с нетерпением ждал «царя Димитрия», готовый принять любого самозванца. Но вместо него приехал «царский гетман» Иван Болотников. Шаховский объявил его главным воеводой еще не существующего самозванца. У Болотникова в Путивле собралось до десяти тысяч войска из служилых и посадских людей, крестьян и казаков и даже небольшой отряд поляков под командой ротмистра Павла Хмелевского.
Вскоре в Путивль прибывает и «царевич Петр» с войском. «Царевич» становится союзником Болотникова, но каждый командует своим войском самостоятельно.
С осени 1606 г. по 10 октября 1607 г. царь Василий, то есть Русское государство, ведет кровопролитную войну с «гетманом Болотниковым». Любопытно, что в течение почти восьмидесяти лет советские историки изымали все, что связано с Болотниковым, из раздела, где говорится о Смутном времени и Лжедмитрии II и переносили в раздел «Крестьянская война под руководством И.И. Болотникова». На самом деле Болотников был таким же «воровским» воеводой, как и «царевич Петр», атаман Иван Заруцкий и другие им подобные. Его методы ведения войны и поведение во взятых городах мало отличались от действий других воевод Лжедмитрия II.
Важно отметить, что параллельно с войной с Болотниковым царю Василию в 1606—1607 гг. в других регионах России пришлось бороться с мятежами, никак не связанными с Болотниковым.
Восстания против царя Шуйского поздней осенью 1606 г. охватили район Нижнего Новгорода по обеим сторонам Волги и Оки. Причем восстания эти не были скоординированы, а их вожди преследовали различные цели. Так, на Волге действовали шайки мордвинов неких Москова и Вокорлина. В городке Царевококшайске поднял мятеж местный стрелецкий голова Иван Борисович Доможиров. Его отряд осадил Нижний Новгород. К Доможирову присоединился и князь Иван Дмитриевич Болховский. Однако сам Нижний Новгород остался верным царю, а его жителям удалось отсидеться от «воров» в осаде.
В Вятской и Пермской областях был сорван сбор ополчения, а царским чиновникам, приехавшим за этим, пришлось убираться несолоно хлебавши.
В Астрахани восстание против Шуйского поднял сам главный воевода астраханский князь Иван Дмитриевич Хворостин. Здесь на защиту царя выступили простые люди во главе с дьяком Афанасием Карповым. Но люди воеводы побили их, а дьяка со товарищи сбросили с раската (с крепостной башни). Позже, правда, Хворостин принес повинную царю, и тот простил его. В 1608 г. мы видим князя в Москве, плетущего интриги в пользу Тушинского вора.
Но ряд областей Русского государства все же остался верен царю. Так, в Твери архиепископ Феоктист собрал духовенство, приказных людей, детей боярских, торговых и посадских людей и укрепил их в верности к Шуйскому. И когда в Тверском уезде появился отряд сторонников Лжедмитрия I, тверчане наголову разбили его. Кроме того, отряд тверских ратников был отправлен в Москву в помощь царю Василию.