Из последнего раздела следует, что политические дела теперь будут вести Сенат и его Московская контора, однако говорится об этом очень невразумительно. Все становится ясно, когда мы обратимся к документам о ликвидации Тайной канцелярии. В. И. Самойлов установил, что существовал указ Петра III от 7 февраля 1762 года, который предполагал вместо Тайной канцелярии «уч[редить] при Сенате особую экспедицию», 16 февраля император утвердил указ об этом, а через шесть дней выпустил манифест об уничтожении Тайной канцелярии. Согласно указу от 16 февраля, всех служащих Тайной канцелярии во главе с ее асессором С. И. Шешковским перевели в Сенат, а указом от 25 февраля им предписывалось «быть на том же жаловании, как ныне они получают» в новой Тайной экспедиции Сената. Из сенатских бумаг следовало, что Московская контора Тайной канцелярии переходила в ведение Сената. По смете 1765 года на все ведомство политического сыска выделялось 2000 руб. в год. Эти деньги шли на жалованье чиновников. Реально же на сыск тратилось гораздо больше – из бюджета Сената и гарнизона Петербурга. Окончательный статус Тайной экспедиции был утвержден указом Екатерины II 19 октября 1762 года, а также в ходе начавшейся в 1763 году реформы Сената. Тайная экспедиция вошла в его I департамент, где велись самые важные «государственные и политические дела». Во главе Экспедиции был поставлен С. И. Шешковский, ставший одним из обер-секретарей Сената. Он поддерживал связь по делам своего ведомства непосредственно с генерал-прокурором и государыней.
Пришедшая к власти в июне 1762 года Екатерина II и ее ближайшие сподвижники понимали важность политического сыска и тайной полиции вообще. Об этом говорила императрице вся предшествующая история России, а также ее собственная история вступления на трон. Весной и летом 1762 года, когда началась реформа сыскного ведомства, на какое-то время сыск оказался ослаблен. И хотя сторонники императрицы почти в открытую готовили путч в ее пользу, Петр III не имел точных сведений о надвигающейся опасности и потому только отмахивался от слухов и предупреждений разных людей на этот счет. Если бы работала Тайная канцелярия, даже в том виде, в котором она была в 1761 году, то одного из заговорщиков, Петра Пассека, арестованного 26 июня 1762 года по доносу, допросили бы с пристрастием и выяснили подробности заговора Орловых.
Словом, пришедшая к власти Екатерина II не хотела повторять ошибок своего предшественника на троне.
Политический сыск при Екатерине II многое унаследовал от старой системы, но в то же время был отличен от нее. Эпоха просвещенного абсолютизма предполагала известную открытость общества, либерализм в политике. Реформы Екатерины способствовали упрочению сословного строя, немыслимого без системы привилегий. В записке 1763 года императрица писала, что дворянина следовало освободить «от всякого телесного истязания» и подвергать наказанию, только если он «перед судом изобличен», причем доказательства его вины «требуются вящшие, нежели противу недворянина». Она руководствовалась убеждением, что образованный дворянин потенциально менее склонен к преступлениям, чем не попавший под лучи Просвещения простолюдин. Эти начала были положены в основу законодательства о дворянстве. Однако практика политического сыска показывала, что опасение верховной власти перед лицом угрозы, исходившей от дворянина, как и от любого другого подданного, всякий раз перевешивала данные дворянскому сословию привилегии и преимущества.
В целом концепция госбезопасности времен Екатерины II была основана на поддержании «покоя и тишины» – основы благополучия государства и его подданных. Согласно законодательным запискам Екатерины о будущем устройстве России, Тайная экспедиция имела две главные задачи: во-первых, она собирает сведения «о всех преступлениях противу правления» и, во-вторых, «велит преступников имать под стражу и соберет все обстоятельства», то есть проведет расследование. Впрочем, не следует идеализировать реальную политику. Ее средства подчас выходили далеко за рамки даже тогдашней законности и очень напоминали (или просто копировали) осуждаемые просвещенным абсолютизмом методы насилия и жестокости. Характерные для второй половины XVIII века проявления либерализма, просвещенности и гуманности в политике отражали во многом лишь стиль правления лично императрицы Екатерины II – женщины образованной, умной, незлой и гуманной, но и она переступала грань тех моральных норм, которые считала для себя образцовыми.