В царствование императрицы Анны Ивановны (1730–1740) для сыскных дел использовались все известные ранее организационные формы: и постоянные учреждения, и временные комиссии, и отдельные чиновники. С ликвидацией Верховного тайного совета сыск перешел к Сенату. Однако 24 марта 1731 года появился именной указ об образовании новой
В начале 1732 года двор вернулся в Петербург, и вместе с ним Ушаков со своей канцелярией, которая в связи с объявленным «походом» государыни в Петербург получила название «
Ушаков нередко заменял самого Толстого, который, завершив дело царевича, тяготился обязанностями начальника Тайной канцелярии. Многие сыскные дела он перепоручал Ушакову, который делал все тщательно и толково. К середине 1720‐х годов Ушаков сумел укрепить свои служебные позиции и даже потеснил князя И. Ф. Ромодановского, который был не так опытен и инициативен, а главное – влиятелен при дворе, как его покойный отец. Ушаков стал докладчиком у Екатерины I по делам сыска. Гроза, которая в начале мая 1727 года разразилась над головой Толстого, А. М. Девьера и других, лишь отчасти затронула Ушакова – он не угодил на Соловки или в Сибирь. Его, как армейского генерал-лейтенанта, послали в Ревель.
Во время бурных событий начала 1730 года, когда дворянство сочиняло проекты об ограничении монархии, Ушаков был в тени, но при этом подписывал только те проекты переустройства, которые отстаивали прежнее самодержавие. Позже, когда Анне Ивановне удалось восстановить самодержавную власть, лояльность Ушакова отметили – в 1731 году императрица поручила ему ведать политическим сыском.
Следя за карьерой Ушакова, нельзя не удивляться его поразительной «политической непотопляемости». Вместе с А. П. Волынским Ушаков судил князей Долгоруких, а вскоре по воле Бирона пытал уже Волынского. Потом Ушаков допрашивал самого Бирона, свергнутого Минихом. Еще через несколько месяцев «непотопляемый» Ушаков уличал во лжи на допросах уже Миниха и других своих бывших товарищей, признанных новой императрицей Елизаветой врагами отечества.
Ушаков сумел стать человеком незаменимым, неприступным хранителем высших государственных тайн, стоящим как бы над людскими страстями и борьбой партий. Одновременно он был ловок и, как тогда говорили, «пронырлив», обладал каким-то обаянием, мог найти общий язык с разными людьми.