Как и все ее предшественники, Екатерина II признавала политический сыск своей первейшей государственной «работой», проявляя при этом увлеченность и страстность, вредившие декларируемой ей же объективности. В сравнении с Екатериной II императрица Елизавета Петровна кажется жалкой дилетанткой, которая выслушивала почтительные и очень краткие доклады Ушакова во время туалета между закончившимся балом и предстоящей прогулкой. Екатерина же знала толк в сыске, сама возбуждала сыскные дела, писала, исправляла или утверждала «вопросные пункты», ведала всем ходом расследования наиболее важных дел, выносила приговоры или одобряла «сентенции» – приговоры. Постоянно получала императрица и какие-то агентурные сведения, за которые платила деньги.
Екатерина II лично допрашивала подозреваемых и свидетелей. В 1763 году она писала генерал-прокурору Глебову: «Нынешнею ночь привели враля (так она называла Арсения Мациевича. –
Самым известным политическим сыскным делом, начатым по инициативе Екатерины II, оказалось дело о книге А. Н. Радищева «Путешествие из Петербурга в Москву» (1790). Екатерина указала разыскать и арестовать автора, прочитав только 30 страниц сочинения. Императрица еще работала над своими замечаниями по тексту книги Радищева, ставшими основой для допроса, а сам автор был уже «препоручен Шешковскому». Направляла императрица и весь ход расследования и суда. Через два года Екатерина руководила организацией дела Н. И. Новикова. Она дала указания об арестах, обысках, сама сочинила пространную «Записку» о том, что надо спрашивать у преступника, а потом вносила уточнения в список вопросов. Возможно, ей принадлежат явно неодобрительные «возражения» на ответы Новикова. Наконец, она сама приговорила Новикова к 15-летнему заточению в крепости.
Екатерина II использовала все способы сыскной организации, которые придумали еще до нее. В основе этой организации лежало все то же сочетание персональных поручений доверенным лицам, временным следственным комиссиям с рутинной работой постоянных органов политического сыска. «Сенатская концепция» организации сыска строилась на том, что генерал-прокурор Сената был руководителем сыскного ведомства – Тайной экспедиции как части Первого департамента Сената. И вообще, должность генерал-прокурора после реформы Сената стала ключевой в системе управления. Императрица постаралась назначить на нее не просто опытного чиновника, а своего, доверенного человека. Для этого в 1764 году она заменила старого генерал-прокурора А. И. Глебова на князя А. А. Вяземского. Императрица напутствовала его такими словами: «Совершенно надейтесь на Бога и на меня, а я, видя такое ваше угодное мне поведение, вас не выдам». Почти три десятка лет Вяземский оставался доверенным порученцем императрицы в Сенате, и Екатерина II была им неизменно довольна – он оказался одним из лучших исполнителей ее воли, хотя и вызывал неприятие многих людей.
При Екатерине II важное место в системе политического сыска стал играть главнокомандующий Москвы, которому была подчинена Московская контора Тайной экспедиции. На этом месте сидели доверенные императрицы П. С. Салтыков, князь М. Н. Волконский и князь А. А. Барятинский. Расследованием политических дел занимались и главнокомандующие Петербурга князь А. М. Голицын (дело Таракановой) и граф Я. А. Брюс (дело Радищева), а также другие доверенные чиновники и генералы, действовавшие как в одиночку, так и в комиссиях, – генерал Веймарн (дело Мировича), К. Г. Разумовский и В. И. Суворов (дело Петра Хрущова и братьев Гурьевых). Особым доверием Екатерины II пользовались А. И. Бибиков и П. С. Потемкин. Бибикову, назначенному в ноябре 1773 года главой казанской секретной следственной комиссии, было поручено расследование причин мятежа Пугачева. В мае 1774 года в Оренбурге образовали вторую секретную комиссию капитана А. М. Лунина. Обе секретные комиссии подчинялась генералу Бибикову, а когда он неожиданно умер – генерал-майору П. С. Потемкину.