Летом 1848 года Ли работал в военном министерстве, завершая начатую в Мексике работу над картами - медленную, кропотливую. Он был вновь назначен членом инженерного совета по обороне Атлантического побережья. Позже он довольно уныло скажет, что эта работа вновь приобщила его к "рутине обязанностей". Тем не менее, у нее были свои преимущества: он мог жить в Арлингтоне, а находясь в центре событий, он был "в контакте с высокопоставленными чиновниками правительства". Ли старательно воздерживался от попыток лоббировать свои интересы; на большинство людей, встречавших его, производили благоприятное впечатление его солдатская выправка и, что еще важнее, его профессиональная компетентность. В сентябре ему поручили наблюдать за строительством нового форта, который должен был защищать Балтимор, как своего рода подспорье для почтенного форта МакГенри. Ли был отправлен в Бостон на заседание совета инженеров, а затем во Флориду для строительства дальнейших укреплений - долгое и трудное путешествие в те дни. Инженерный корпус и Конгресс все еще исходили из того, что Великобритания будет оставаться врагом, о котором стоит беспокоиться. Что бы ни думал об этом Ли, он снова был вовлечен в строительство каменных крепостей. Этот опыт, а также проявленный им дар быстро возводить "земляные сооружения" - хорошо продуманные системы траншей и тщательно расположенные, окопанные артиллерийские батареи - окажутся существенным элементом его военного гения: его инженерный опыт спасет Ричмонд в 1862 году и продлит Гражданскую войну более чем на год в 1864 и 1865 годах. Ли окажется одним из величайших мастеров земляных работ в истории войн; его опыт в Мексике неоднократно показывал ему, что кирка, лопата и мешок с песком так же важны в бою, как мушкет и штык. К сожалению, Инженерный корпус по-прежнему оставался приверженцем строительства крепостей, поэтому Ли занял новую должность в апреле 1849 года и занялся подготовкой к переезду семьи в арендованный дом в Балтиморе, пока он проводил дни, исследуя отмели и илистые участки вокруг Соллерс-Пойнт и Хокинс-Пойнт, на полпути между Балтимором и рекой Патапско. Каждое утро он добирался туда на лодке, которую гребли два гребца, обедал (то, что мы сейчас называем обедом) в доме на Соллерс-Пойнт, а вечером на веслах возвращался на близлежащий материк, где сейчас находятся свалки опасных отходов и промышленные загрязнения, метко названные Карантинной дорогой, а тогда эта местность была известна главным образом благодаря процветающей популяции комаров.
Неудивительно, что Ли "слег с лихорадкой", скорее всего, малярией, и только осенью вернулся к работе. Как обычно, его работа продвигалась быстро и эффективно: были закуплены и забиты сваи, а причалы завершены на первом этапе строительства. Последовательная карьера Ли была ненадолго прервана необычной возможностью. "Кубинская революционная хунта в Нью-Йорке готовилась к очередной попытке освободить Кубу от испанского владычества и искала опытного американского военачальника для командования. Кубинцы предложили эту должность генералу Уорту, но тот умер, не дождавшись своего решения; тогда они предложили ее сенатору Джефферсону Дэвису из Миссисипи, выпускнику Вест-Пойнта, председателю сенатского комитета по военным делам и, конечно же, будущему президенту Конфедерации. Сенатор Дэвис отказался от этой чести, но рекомендовал Ли.
Идея независимости Кубы от Испании была популярна в Соединенных Штатах, особенно среди южан, многие из которых мечтали распространить рабство на Карибы и предполагали аннексировать Кубу в качестве рабовладельческой территории, а в конечном итоге, возможно, и рабовладельческого государства - что, учитывая ее климат, сельскохозяйственные богатства и смешение рас, было отнюдь не невозможным стремлением, хотя и не тем, к которому Ли испытывал бы симпатию. Он не был противником рабства, но, как и многие отцы-основатели, надеялся, что оно постепенно исчезнет в благоприятное время - возможно, благодаря Божьему вмешательству, - и был категорически против его расширения. Личный опыт Ли, связанный с рабством, привел его к выводу, что на Юге и так было слишком много рабов, а не то, что их нужно было еще больше.