Генерал Хуан Моралес незамедлительно появился в полной форме под флагом перемирия и после красочной и официальной военной церемонии, столь дорогой сердцу генерала Скотта, вежливо отказался сдать город. Тогда американская артиллерия открыла огонь. К ночи эффект был впечатляющим: "яркие блики, на мгновение осветившие белые купола и мрачные крепости Веракруса", когда каждый минометный снаряд падал с громоподобным взрывом, но из-за высокой траектории и относительно небольшого размера минометы не могли разрушить толстые каменные стены и крепости. Ли приложил немало усилий, чтобы за двенадцать дней совершить нечто вроде чуда, особенно если учесть, что многие мулы погибли во время путешествия, и тяжелые минометы пришлось перетаскивать через пляж и дюны на руках у солдат. Мексиканцы в полной мере использовали густые изгороди из чапарраля и колючих местных кактусов, а также trous de loup (языком осадной войны все еще был французский, на котором было написано большинство учебников по военному делу) - конические ямы с заостренным колом на дне, предназначенные для того, чтобы пронзить любого, кто в них упадет. Кроме того, осаждающие американцы страдали от жажды, огромного количества песчаных блох, сильных ветров и густых песчаных бурь. Сам Ли по ночам проводил разведку так близко к стенам, что заставлял лаять собак за ними, а однажды ночью в него выстрелил часовой, когда он возвращался к американской линии. Пуля прошла так близко, что опалила его мундир - неожиданное боевое крещение, которое он прошел с честью.
Как ни не хотел Скотт уступать роль во взятии Веракруса флоту, он понимал, что с имеющейся в его распоряжении артиллерией у него нет шансов пробить существенную брешь в стенах. Он проглотил свою гордость и запросил шесть тяжелых орудий с военных кораблей. Это создало огромную проблему для Ли, который должен был выбрать место для морской батареи недалеко от городской стены, "но скрытое от глаз густыми зарослями чапарраля". Ли построил батарею "на песчаном гребне примерно в семистах ярдах от форта Санта-Барбара, недалеко от середины американской линии", сумев построить ее так, чтобы работа была скрыта от мексиканцев. Каждое из восьмидюймовых морских орудий весило более трех тонн, и их приходилось спускать с палубы военного корабля на катер и грести к берегу, а затем матросы тащили их через дюны к батарее. Ли обнаружил, что матросы так же неохотно копают и наполняют мешки с песком, как и солдаты, но он упорствовал, и к утру 24 марта все шесть морских орудий были вкопаны и готовы к стрельбе, причем одно из них - под командованием его брата Сиднея Смита Ли. Когда моряки начали рубить чапарраль и выгребать песок из орудий, мексиканцы наконец заметили морскую батарею и открыли по ней огонь. Ли не обращал внимания на падающие вокруг него снаряды и вел ответный огонь, очевидно, "не осознавая личной опасности". Он беспокоился только о своем брате. "Куда бы я ни повернулся, - писал он позже, - мой взгляд возвращался к нему... . . Я не знаю, как мне следовало поступить, если бы его зарубили на моих глазах. . . Он сохранял свою обычную жизнерадостность, и я мог видеть его белые зубы сквозь весь дым и грохот огня". (В те времена, когда еще не был изобретен бездымный порох, массированная стрельба из мушкетов сопровождалась клубами густого темного дыма, освещаемого изнутри оранжевыми вспышками при выстрелах. Из-за дыма часто невозможно было отличить друга от врага - это одна из многих причин, по которым британские солдаты продолжали носить красный мундир до конца XIX века). Адская перестрелка продолжалась до заката и возобновилась рано утром на следующий день, к тому времени "в стенах города была пробита брешь в тридцать шесть футов, а его крепости "продырявлены, как дуршлаг"". 25 марта европейские консулы города обратились с просьбой о "частичном перемирии, чтобы дать возможность эвакуировать женщин, детей и нейтралов", что свидетельствовало об ослаблении решимости противника, но Скотт ответил, "что перемирие может быть разрешено только по заявлению губернатора (генерала Моралеса), и то с целью капитуляции", а на следующий день генерал Дж. Дж. Ландеро, генерал Моралес, предусмотрительно "притворившись больным" и передав командование своему заместителю, официально запросил условия капитуляции. 27 марта Веракрус был занят американской армией. Гарнизон численностью более 4 000 человек вышел, сложил оружие и был отправлен домой как военнопленные по условно-досрочному освобождению (у Скотта не было средств на их пропитание). Всего за восемнадцать дней "главный порт внешней торговли" Мексики был взят, вместе с более чем 400 орудиями, при этом американские офицеры и солдаты потеряли всего шестьдесят четыре человека.