Ли не только во всех деталях расписал, как именно он хотел построить дамбу и плотину, но и точно рассчитал стоимость: 158 554 доллара за весь проект (около 4 миллионов долларов в современных деньгах) - большая сумма для простого первого лейтенанта и показатель того, насколько ему доверяли генерал Гратиот и мэр Сент-Луиса. К раздражению Ли (но вряд ли к его удивлению, учитывая его мнение о политиках), Конгресс так и не выделил всю запрошенную им сумму, но, несмотря на это, с 50 000 долларов от Конгресса и еще 15 000 долларов от города Сент-Луис, "за два года он добился возвращения канала на берег Миссури... размыл песчаные бары и углубил гавань так, что в низкие периоды реки над баром было не менее 13½ футов воды". К июлю 1838 года "Ли продвинул остров Дункан на значительное расстояние вниз по течению". Это, а также изыскания и взрывные работы по созданию безопасного канала для судоходства через верхние и нижние пороги, в полной мере заслужили грандиозную похвалу Ли от мэра Сент-Луиса: "Благодаря богатому дару своего гения и научным знаниям лейтенант Ли взял под контроль "Отца вод"".
Зимой 1837 года они с Мейгсом вернулись на восток: Ли - чтобы воссоединиться с семьей, представить свой отчет и пролоббировать средства на его составление; Мейгс - чтобы быть переведенным в другое место, в лучших военных традициях, когда человека переводят в другое место, как только он достаточно научился, чтобы быть полезным там, где он находится. По дороге домой Ли впервые в жизни столкнулся с железной дорогой - Балтимор и Огайо протянул свои пути до Фредерика, штат Мэриленд, и оттуда Ли впервые прокатился на поезде, хотя "вагоны [все еще] приходилось запрягать лошадьми на часть расстояния". С паровыми машинами Ли, конечно, уже был знаком, но железная дорога в то время была для Америки чем-то вроде новинки.
В одном Ли был твердо уверен: когда весной он вернется в Сент-Луис, то возьмет с собой Мэри. Судя по ее письмам друзьям после приезда, Ли было нелегко убедить ее покинуть Арлингтон и отправиться в этот, с точки зрения виргинского гранда, сырой, примитивный городок в дикой местности. Несмотря на это, Ли оставили свою дочь Мэри с бабушкой и дедушкой и отправились со своими двумя сыновьями Кустисом и Уильямом (которого всегда называли "Руни"), сопровождаемые рабыней по имени Китти, чтобы присматривать за ними, в путешествие, которое длилось почти пять недель и продлилось от Вашингтона до Балтимора и Филадельфии: затем на поезде в Гаррисбург, штат Пенсильвания; из Гаррисбурга в Питтсбург на лодке по каналу; затем вниз по реке Огайо, с остановками в Цинциннати и Луисвилле; и, наконец, вверх по Миссисипи из Каира в Сент-Луис. Ли хвастался, что мальчикам понравилось путешествие, что, вероятно, правда - что может быть более захватывающим для маленьких мальчиков, чем путешествие по железной дороге, каналу и пароходу? - и что Мэри провела большую часть путешествия, дремля; но поскольку он также упоминает "тесноту, давку и карабканье", можно предположить, что Мэри не была в таком восторге, как ее дети, и что дремота могла быть ее способом убежать от суеты путешествия и нежелательной компании незнакомцев. Почти десятилетие спустя, во время своего первого визита в Америку, Чарльз Диккенс, более бесстрашный путешественник, чем Мэри Ли, жаловался на плохие манеры за столом, жевание табака, постоянную возню и плевки своих попутчиков, а также на тесноту и отсутствие уединения в поездах и на речных пароходах и на универсальную западную привычку вступать в разговор с совершенно незнакомыми людьми, как будто они друзья на всю жизнь.
На протяжении всей их супружеской жизни Ли, как и многие другие мужья, в письмах старался подчеркнуть, что Мэри нравится их путешествие, хотя совершенно очевидно, что при удобном случае она предпочитала оставаться дома, в привычной обстановке и комфорте Арлингтона. Ее чувства к Сент-Луису не могли улучшиться после того, как они прибыли туда, обнаружив, что комнат, которые, как предполагал Ли, были сняты для них, не было, и тем более не могли улучшиться после того, как они узнали, что их мебель и домашние вещи, следовавшие за ними, были уничтожены, когда пароход, на котором их перевозили, взорвался (не такое уж редкое явление на ранних пароходах, поскольку американская страсть к скорости и конкуренции часто приводила к перегреву котлов). Они провели месяц в неудобных временных жилищах, прежде чем Ли удалось снять часть большого особняка, изначально построенного Уильямом Кларком из экспедиции Льюиса и Кларка, который Ли довольно дружелюбно разделили с Уильямом Бомонтом, армейским хирургом, и его семьей.