После длительного путешествия, в ходе которого он предложил, какие улучшения можно сделать на реке Огайо, и поездки вниз по Миссисипи в Сент-Луис, чтобы сообщить о количестве коряг, которые еще остались, Ли вернулся домой на зиму 1839 года, частично в длительный отпуск, частично для выполнения "временных обязанностей" в офисе нового главного инженера, пока Конгресс бездумно обсуждал, выделять ли дополнительные средства на улучшение реки Миссисипи, а затем - как это часто бывало (и остается) - остался без дела, фактически остановив любые дальнейшие федеральные ассигнования на эти работы. Летом 1840 года Ли вернулся в Сент-Луис, опять же с некоторой неохотой, в основном для того, чтобы свести счеты и продать с публичного аукциона приобретенные им лодки и оборудование; затем он вернулся в Вашингтон в октябре, чтобы дождаться рождения своего пятого ребенка, Элеоноры Агнес Ли.
В своей экономной манере Корпус инженеров не стал полностью отрывать его от Миссисипи - несмотря на другие обязанности, Ли еще долгие годы будет отвечать за советы властям Миссури, которые продолжат начатую им работу, но его собственная роль в укрощении великой реки была закончена.
Всего за три месяца до смерти Ли в 1870 году состоялось одно из самых известных спортивных событий в истории Америки, которое стало возможным благодаря его работе на реке в 1837-1840 годах, - "Великая пароходная гонка", в которой два речных судна-левиафана соревновались в скорости подъема по Миссисипи от Нового Орлеана до Сент-Луиса.
"В этой гонке два огромных парохода длиной более 300 футов мчались по реке Миссисипи... на скорости до 23 миль в час... . . Гонка стала первым большим событием в средствах массовой информации нашей страны, так как на кон были поставлены огромные суммы денег, большие толпы людей преодолевали значительные расстояния, чтобы выстроиться на берегах реки, а новый телеграф передавал информацию о ходе гонки национальной аудитории." * Гонку выиграло судно производства Индианы, строительство которого в 1866 году стоило более 200 000 долларов, что было огромным состоянием для того времени. Оно могло перевозить более 5000 тюков хлопка весом 1250 тонн, имело 61 роскошную "каюту", отделанную богатой резьбой и полированным палисандром, и обеденный салон на 240 человек под огромными, ослепительными люстрами и витражными окнами. Это был продукт рассвета позолоченного века, со всеми роскошными удобствами и кухней большого океанского лайнера, высокими трубами-близнецами, выбрасывающими искры и дым, когда он шел на полной скорости днем и ночью - без риска налететь на камень, корягу, песчаную или морскую отмель - чтобы достичь Сент-Луиса 4 июля 1870 года и обогнать Natchez: 1 154 мили за три дня, восемнадцать часов и четырнадцать минут - рекорд, который оставался непобитым до 1929 года. Его название, очень подходящее, по сей день запечатленное в заголовках, картинах, фотографиях, фольклоре, литературе и песнях, † было "Роберт Э. Ли".
Конечно, все это - эпические гонки на пароходах между Робертом Э. Ли и "Натчезом", миллионы людей, собравшихся посмотреть на них, благоговение и уважение, с которым его имя воспринимали не только на Юге, но даже на Севере, - было далеко впереди в 1840 году, когда он вернулся в Вашингтон в чине простого капитана. В отсутствие его старого друга генерала Гратиота успех Ли в Миссури не принес ему нового назначения; его отправили инспектировать прибрежные форты в Каролине и составлять планы крайне необходимого ремонта. Не каждый инженер был таким аккуратным строителем, каким Ли уже успел зарекомендовать себя в форте Монро - о вынужденной экономии и самодельном строительстве того времени говорит тот факт, что, хотя большинству фортов было менее десяти лет, все они были сильно повреждены морем и уже нуждались в капитальном ремонте. Возможно, как предполагает Дуглас Саутхолл Фриман, путешествие Ли по Каролинам окажется полезным для него двадцать лет спустя, когда он разместит форт Фишер на "узкой косе" в устье реки Кейп-Фир для защиты последнего незаблокированного порта Конфедерации, но если так, то это предвидение было единственным преимуществом его путешествия. В каждом случае он вносил практичные, экономичные предложения по улучшению и прилагал к ним подробные чертежи. Несмотря на постоянные сомнения в ценности своей работы и в выборе профессии, очевидно, что теперь Ли был надежным инженером. Он вернулся домой на Рождество, и после продолжительного отпуска его назначили ремонтировать и обновлять крепости, охранявшие Нью-Йорк, - задача гораздо более масштабная и ответственная, хотя он по-прежнему отвечал за работы в Сент-Луисе и в Каролинах - инженерный корпус, несомненно, получал от капитана Ли все, что мог.