Невозмутимость Ли перед лицом невзгод была и останется удивительной - без особых усилий или чувства самопожертвования с его стороны он превращался в своего рода светского святого в униформе, что стало выдающимся достижением для солдата, равного которому не было, пожалуй, со времен Жанны д'Арк. Ему было ясно, что федеральная армия постоянно усиливается, готовясь к полномасштабному наступлению на север Вирджинии, как только закончится зима, и он посвятил много времени подготовке укреплений и земляных сооружений, чтобы его люди могли выстоять против гораздо большего числа солдат. Его мастерство в области архитектуры обороны было столь же впечатляющим, как и его гений маневра. Если его войска не могли маршировать зимой 1863-1864 годов, они могли копать, и Ли заставил их построить линию траншей, редутов и фортов, которые, как никакой другой фактор, продлят выживание Конфедерации еще почти на полтора года.
Большую часть времени Ли выступал в роли военного секретаря Конфедерации, ведя почтительные, но равные переговоры с президентом Дэвисом. Он призывал продлить срок воинской повинности и применять "более строгие меры". Он также рекомендовал применять максимальную строгость к дезертирам. К 1864 году воинская повинность в Конфедерации распространялась почти на всех белых мужчин в возрасте от семнадцати до пятидесяти пяти лет, но этого все равно было недостаточно для получения достаточной рабочей силы. В феврале 1864 года, когда Лонгстрит и большая часть его корпуса были отправлены воевать на запад, армия Северной Вирджинии сократилась до "не более чем 35 000 человек", что было смехотворно мало для того, чтобы сдержать армию Потомака, когда она, наконец, продвинулась вперед. Представление о Ли как о благожелательном, даже святом человеке, иногда доведенное до слащавых крайностей, не отражает всей справедливости его сложного характера: Он был добр; он сочувствовал страданиям своих людей и животных ("медленное голодание" лошадей армии было для него особенно болезненным); он регулярно включал солдат Союза в свои молитвы; но он не гнушался приказывать о крайних мерах наказания для дезертиров или для тех, кто каким-либо образом не выполнил свой долг, "отлынивая" или "отлынивая"." Его методы пополнения рядов были грубыми и готовыми. Они и должны были быть такими, поскольку процесс рекрутирования на Юге был так же полон лазеек, исключений и того, что Ли называл "предвзятостью", как и на Севере.
Даже после поражения Ли под Геттисбергом и капитуляции Пембертона под Виксбургом Ли все еще не подвергал сомнению дело, к которому он присоединился с такой неохотой. Стратегия вторжения на Север и поиска одного крупного сражения в надежде добиться британского или французского признания Конфедерации дважды провалилась, и ее нельзя было пытаться повторить. Теперь Конфедерации предстояла война на истощение, которая, учитывая численное превосходство и промышленную мощь Севера, могла закончиться только поражением. Спустя 150 лет это кажется неизбежным, как и то, что продолжение войны привело бы к невообразимым разрушениям на Юге после того, как генерал Шерман ввел то, что позднее поколение назовет тотальной войной, включающей сжигание городов, домов и ферм в широких масштабах - политику "выжженной земли", которая принесет неисчислимые страдания последующим поколениям. Конечно, по мере сокращения Конфедерации она все больше пользовалась преимуществами более коротких внутренних линий, но даже это было бы сведено на нет неадекватностью южной железнодорожной системы.
Если бы Ли был готов рассмотреть возможность капитуляции, последние два года войны не понадобились бы, но он был не более способен сделать это, чем превратиться в такого военно-политического лидера, который был нужен Югу для преодоления проблем со снабжением и рабочей силой. Он не стал бы искать или принимать диктаторские полномочия - для этого он был слишком большим американцем - и не отказался бы от своей веры в победу, какой бы маловероятной она ни казалась.