На рассвете следующего дня, когда поле боя снова скрыл густой утренний туман, Ли выехал на поле боя, чтобы призвать своих людей окопаться. Но когда солнце наконец пробилось сквозь туман, открыв взору ужасающее поле мертвых и раненых, атаки не последовало. Он понял, что улицы Фредериксбурга были перекрыты самодельными баррикадами, словно Бернсайд готовился к отчаянному последнему бою. Тем временем длинные ряды войск справа от Конфедерации оставались неподвижными, их флаги развевались, словно в трауре. Союзные дивизии молчали, но многие заметили, что убитые лежали "голые и обесцвеченные" - их одежду в темноте сдирали солдаты Конфедерации. Ни Ли, ни даже смелый Джексон не думали об атаке конфедератов. Однако прусский адъютант Стюарта, майор Герос фон Борке, отнесся к этому решению критически. "Наш главнокомандующий, - писал фон Борке, - по-прежнему возражает против движения вперед, для которого, по моему мнению, уже упущена золотая возможность, если бы он был склонен к этому. . . . Ни один из наших генералов не осознавал масштабов одержанной нами победы, нанесенного противнику ущерба и степени деморализации вражеской армии". Даже после победы проблемы армии Северной Вирджинии повторились. У Ли не было средств для преследования противника. Запасы продовольствия, фуража и боеприпасов были на исходе; люди были холодны, голодны и истощены. И снова Ли пришлось довольствоваться победой числом: 12 653 потери федералов против 5 309 потерь конфедератов. По любому определению, это была великая победа, но не та, которая рассеяла избитого врага. Незадачливый Бернсайд попросил и получил перемирие, чтобы похоронить своих погибших и собрать оставшихся в живых раненых. Затем он переправил свою армию через Раппаханнок - понтоны и все остальное - и поместил ее в безопасное место вне досягаемости Ли.
Победа конфедератов при Фредериксбурге глубоко обеспокоила северян. Губернатор Пенсильвании сказал президенту Линкольну: "Это была не битва, а резня". Получив эту новость, Линкольн написал: "Если есть место хуже ада, то я в нем". Тем не менее, в конце концов, о сражениях нужно судить по тому, какое влияние они оказывают на историю, а Фредериксбург, хотя и продемонстрировал способность Ли выбирать место и время для сражения, ничего не изменил. Федеральная армия Потомака все еще находилась в Вирджинии, на северном берегу Раппаханнока, но Ли не вытеснил ее оттуда, ни одно иностранное правительство не было вынуждено признать Конфедерацию благодаря его победе, ни Линкольн не был вынужден начать переговоры о независимости Конфедерации. Обе армии вскоре заняли зимние позиции, чтобы зализать раны. Майор фон Борке был совершенно прав: "золотая возможность" для победы, подобной победе Вашингтона при Йорктауне, ускользнула от него. Ли пользовался всеобщим признанием на Юге, и даже северяне уважали его способности. Бернсайда же сменил "Боевой Джо" Хукер, который, возможно, был еще более некомпетентным генералом и уж точно менее приятной личностью.
Наступившая зима не позволила Ли отдохнуть. Его люди делали все возможное, чтобы построить временные убежища, а Ли продолжал жить в палатке, хотя поблизости имелся свободный дом. Его штаб, по словам младшего сына, Роберта, недавно получившего звание лейтенанта из артиллериста в штабе своего брата Руни, "был очень непритязательным, состоял из трех или четырех "стенных палаток" и нескольких более обычных, установленных на краю старого соснового поля, рядом с группой лесных деревьев, из которых он черпал дрова".
Роберт говорит, что покои его отца были "довольно удручающими", но Ли был полон решимости разделить неудобства своих людей. Нехватка припасов грозила армии Ли голодной смертью, а лошади были доведены до плачевного состояния - это вызывало серьезную озабоченность, поскольку грозило покалечить как кавалерию Ли, так и его артиллерию. * Несмотря на постоянные призывы Ли, правительство Конфедерации не смогло организовать и поддерживать запасы продовольствия и фуража. Дуглас Саутхолл Фримен пишет, что "призывы и предупреждения Ли не смогли сделать больше, чем просто поддержать жизнь армии". Людям действительно везло, если они получали "четверть фунта бекона, 18 унций муки, 10 фунтов риса на каждые 100 человек каждый третий день, а также несколько горошин и небольшое количество сухофруктов время от времени, когда их удавалось достать". В результате большая часть армии Конфедерации страдала от цинги, дизентерии, обморожения и истощения, а многие лошади погибли от голода и холода. Генерал-майор Фуллер не ошибается, когда обвиняет Ли в том, что тот недостаточно настойчив: "Его мольбы настолько тактичны, что ими пренебрегают. Он никогда не громит их". Это правда, что Ли слишком полагался на несгибаемый дух своих войск, а не на мирские детали снабжения. Кроме того, он уклонялся от тотальной конфронтации с президентом Дэвисом и Конгрессом Конфедерации, которые в этом вопросе оставались безучастными.