Только отвечая Мэри, Ли дал волю своим чувствам: "Осознание того, что я больше никогда не увижу ее на земле, что ее место в нашем кругу, которым я всегда надеялся однажды насладиться, навсегда останется вакантным, мучительно до крайности. Но Бог в этом, как и во всем остальном, смешал милость с ударом, выбрав ту, что лучше всего подготовлена к тому, чтобы покинуть нас. Пусть вы сможете присоединиться ко мне и сказать: "Да будет воля Его!"". Он закончил на мрачной ноте: "Хотел бы я дать вам какое-нибудь утешение, но кроме надежды на великое милосердие Божье и на то, что он заберет ее в то время и в том месте, где ей будет лучше всего уйти, ничего нет".
Ли не смог присутствовать на похоронах Энни - он не хотел брать отпуск в связи с семейной трагедией, в то время как его солдатам это не разрешалось, - но он выбрал строки, которые в итоге будут высечены на гранитном обелиске Энни, из гимна, который она просила исполнить, умирая:
Совершенны и верны все пути Его
Которому поклоняются небеса и повинуется земля.
В конце концов Ли дал своей армии два месяца на "отдых, питание, пополнение и дисциплину", причем последнее было подарено генералом Макклелланом, который, хотя его собственная армия вскоре была приведена в полную боевую готовность, не проявлял никакого желания переправиться через Потомак и выступить против Ли. Тем временем Ли был готов ждать, будучи уверенным, что до наступления зимы будет проведена еще одна кампания. Он был уверен, что Макклеллан снова двинется на Ричмонд, и предпочитал узнать, с какого направления, чтобы сразиться с ним на выбранной им территории. Он предпринял шаги по официальному разделению своей армии на два крыла, повысив Джексона и Лонгстрита в звании генерал-лейтенанта, и сделал все возможное, чтобы исправить недостатки в снабжении и боеприпасах - нелегкая задача в осажденной Конфедерации. Этот период не обошелся без событий: Харперс-Ферри был вновь взят федералами - без особых потерь для Ли, поскольку Джексон уже вывез содержимое арсенала, а Ли отправил Стюарта в еще один широко разрекламированный рейд на восемьдесят миль вокруг армии Макклеллана до самой Пенсильвании, переправившись через Потомак с 1200 захваченными по пути федеральными лошадьми. * Стюарт не видел никаких признаков активности со стороны Макклеллана, как и Белый дом, к растущему раздражению президента. Линкольн стал нелестно называть Потомакскую армию "телохранителем Макклеллана". Когда Макклеллан пожаловался, что не может и помыслить о движении, потому что лошади его кавалерии истощены, Линкольн ответил с необычной для него бесцеремонностью: "Вы простите, что я спрашиваю, что сделали лошади вашей армии после битвы при Антиетаме, чтобы хоть как-то утомиться?" Наконец, 26 октября Макклеллан начал переправляться через Потомак в полном составе. Переправа всей армии заняла больше недели, и в это время Ли, переместивший свой штаб в Калпепер, сомневался, пойдут ли федералы по долине Шенандоа к Стонтону, а затем повернут на восток к Ричмонду, или же пойдут более коротким, классическим путем к Раппаханноку в надежде достичь Ганновер-Джанкшн и атаковать Ричмонд с северо-запада. В первом случае Ли мог рассчитывать на то, что Джексон их сдержит. Если второе, то Джексон мог атаковать федеральные силы со стороны гор Блу-Ридж, а Лонгстрит - оборонять Ричмонд. В любом случае Ли оказался бы в меньшинстве. Сейчас у него было чуть более 70 000 человек против 114 000 федералов, но это были не те шансы, которые заставляли Ли задуматься. Однако 10 ноября до него дошли потрясающие новости: Линкольн наконец-то потерял терпение с Джорджем Макклелланом и заменил его генерал-майором Эмброузом Бернсайдом.
Ли уважал (чего не разделял президент Линкольн) профессиональные способности Макклеллана, но также считал, что обычно может предсказать, как поступит Макклеллан, коллега-инженер. У него не было такой уверенности в отношении Бернсайда, который, по его мнению, был менее способным и, вероятно, испытывал дискомфорт от своей новой ответственности. В этом он был совершенно прав: Бернсайд уже однажды отказался от командования Потомакской армией на том основании, что он не подходит для этого, и на этот раз потребовалось несколько аргументов, прежде чем его наконец "убедили... согласиться", причем, судя по всему, с искренней неохотой. "[Бернсайд] с таким же сожалением принимает командование, как и я отказываюсь от него", - любезно писал Макклеллан миссис Бернсайд.